初九日，朱威肃公景山阵亡。十二日，宁国府城失守，周忠壮公天受死之。于是周氏兄弟殉难者三人。十四日，李元度赴徽州接办防务。二十日，鲍超到祁门，公饬令迅赴营中，公移驻祁门城北。二十三日，驰摺奏报援军甫进，宁国府城被陷，徽州戒严，自请交部议处；鲍超迁延不如期抵营，请革去勇号，仍责令督军进剿；道员廖士彦委解浙饷，闻警折回，以致宁国军因饥败溃，请即革职；周天受捐躯殉节，查明另摺请恤。附片奏沥陈身在皖南，心悬江浙，俟立脚稍稳，即当分军先趋苏境，以符原议。又片奏：臣军及皖南防军需饷甚巨，所收江西牙，实多不敷，请旨饬江西每月拨解漕折银五万两，以济徽、宁之防；陕西每月协解银二万两，专发安庆一军。三月之后，即行截止。又以前奏奉到批谕，启牖愚蒙，指示亲切。附片复陈懔遵感激之忱。李元度率军至徽州。贼以大股由绩溪扑犯徽州，平江勇败溃，原防官军亦溃。二十五日，贼陷徽州府城，势趋祁门。公飞调鲍超回军渔亭，张运兰回军黟县，以遏其锋。左公宗棠军行抵南昌，公飞咨调赴乐平、婺源之间，以防贼窜江西之路。是月僧王军败于天津，都城戒严，胜保奏请飞召外援，銮舆巡狩热河，恭亲王留守京师。
九月初一日，公遣子纪泽赴安庆大营，由安庆回湘，为书以训之。初四日，李公续宜率军四营至祁门。公闻都下之警，悲不自胜。初六日，驰摺奏称：臣自恨军威不振，甫接皖南防务，旬日之间，徽、宁失陷。又闻夷氛内犯，凭陵郊甸。
东望吴越，莫分圣主累岁之忧；北望滦阳，惊闻君父非常之变。且愧且愤，涕零如雨，应恳天恩，于臣与胡林翼二人中，饬派一人，带兵北上，冀效尺寸之劳，稍雪敷天之愤。又奏报徽州失守一摺，自请交部议处。又咨呈恭亲王文书一道。
公与李公续宜筹商北援之举一切调度。李公留营旬日乃去。公又函致胡公林翼，作北援议八条。寻以和议既成，奉上谕：“皖南北均当吃紧之时，该大臣等一经北上，难保逆匪不乘虚思窜，扰及完善之区，江西、湖北均为可虑，曾国藩、胡林翼均著毋庸来京。该大臣甫接皖南防务，连失两郡，虽因饷绌兵单，究属筹画未密，著即振作军心，再接再励，勿以一挫之后，即损军威。李元度谋勇兼优，此次失衄，殊属可惜。人材难得，著即迅速查明下落具奏。”钦此。十六日，驰摺奏查明提督周天受殉节情形，请开复原官，从优赐恤，于宁国府建立专祠。周天受之胞弟周天培、周天孚先后殉难，一门忠烈，请于四川本籍建立三人祠宇。
署皖南道福咸、宁国知府颜培文、宣城县令王乃晋、副将朱景山均请优恤。皖南道李元度请革职拿问，徽州知府刘兆璜等请革职，其阵亡同知童梅华、守备张斐文二员请恤。附片奏请旨饬广西藩司蒋益沣率所部三千人，迅由江西入皖。会合左宗棠一军，并力东征。又奏皖南北近日军情贼势一片。左公宗棠军抵乐平县。
贼由徽州分股窜浙江，陷严州府城。十八日，接奉拨兵援救上海之旨。二十八日，接奉拨兵援救镇江之旨。是月贼攻扑镇江府，巴栋阿、冯子材拒却之。都兴阿公抵扬州，接办江北军务。
十月初四日，驰奏统筹缓急机宜一摺。奏称：臣处止左宗棠、鲍超、张运兰三军尚为得力，已有应接不暇之势。皖南立脚未稳，于镇江、松江未能赴援也。
附片奏报鲍超、张运兰会攻休宁县胜仗。又片奏兴办淮扬水师，拟于上游先造战船，请截留江西应解江北饷银二万两，通融接济。又摺奏查明江苏金坛县守城殉难官绅总兵萧知音、参将周天孚、知县李淮、绅董吴秉礼等七十三员名，开单请恤，于金坛县建立总祠，汇祀各员。附片奏丹阳县知县方浚泰阵亡请恤。又片奏请展缓江南、江西各营将弁举劾年限。初九日，公出营至黟县查阅岭路。十四日，回祁门营。十九日，贼由羊栈岭窜入，黟县失守。公饬祁门各营严守。二十日，鲍超、张运兰破贼于黟县。贼退出岭外。广东韶州股匪窜入江西赣南境，犯建昌，陷河囗，连扰广信、饶州各属邑。左公宗棠军至景德镇。二十二日，分军破贼于贵溪，克德兴、婺源二城。馀匪溃窜入浙境。二十六日，驰奏休宁胜仗黟县克复一摺，随摺奏保鲍超请加清字勇号，张运兰请交部从优议叙。又保营官杨镇魁、娄云庆、张玉田、余大胜四员。附片奏鲍超营中副将宋国永、黄庆、陈由立请先拔补实缺。又奏已故统兵臬司萧启江功绩最多，恳恩赐谥，于湖南、江西建立专祠一摺。代奏新授淮扬镇总兵黄翼升谢恩一摺。附奏安徽学政邵亨豫患病请开缺回籍一片。又奏参代理怀宁知县莫样芝一片。二十七日，左公宗棠到祁门营，与公商度军事。留数日，回景德镇。是月，张公玉良克复严州府，多隆阿公大破贼于桐城。
十一月初四日，贼陷建德县。普承尧一军败溃。又陷东流县。时议借洋兵助剿金陵之贼，委洋商采米运天津，以代南漕。奉旨令公酌量具奏。初八日，公具摺复陈，并陈明大西洋各国夷情。且云：款议虽成，中国岂可忘备？河道既改，海运岂可不行？目前借其力以助剿济运，得纡一时之忧，将来师其智以造炮制船，尤可期永远之利。附片奏报建德失陷及皖南北近日军情。又片奏遵旨饬查安徽道员萧盛远在和春军营偾事实迹，请革职发往新疆。皖南镇总兵陈大富驻军南陵县，督率军民，坚守数月，粮尽援绝，四面皆贼。杨公载福率水师炮船驶入鲁港，破平贼垒，拔出陈大富全军及士民男妇十馀万人，安置东流县城，欢声腾于江介。
建德既陷，普承尧退走九江，贼分股一扰彭泽、湖囗、都昌，一扰犯浮梁、鄱阳、景德镇。彭公玉麟以水师赴湖囗，收集陆路溃勇，协守湖囗，城得以完。十四日，分军收复都昌、鄱阳，杨公载福以水师收复东流、彭泽，左公宗棠分军收复浮梁。
十七日，公派唐义训一军克建德县。公之接统徽防也，调取原防兵勇，以副将杨名声领一军驻上溪囗，副将王梦麟、程永年领一军驻江湾，扼守东路。公调鲍超一军回祁门。贼扑陷上溪囗、江湾各垒，兵勇溃退。公乃委提督江长贵收集简汰，以成一军。十九日，北路之贼逾岭而入。二十日，鲍超回军黟县，与张运兰军合击贼于庐村，大破之。是时皖南贼党分三大股环绕祁门，欲以困公：一出祁门之西，至于景德镇；一出祁门之东，陷婺源县，复南窜玉山；一由祁门之北，越岭南犯，直趋公营。庐村既捷，公乃调鲍赴景德镇，与左公宗棠合力堵剿，以保饷路；张公运兰一军，仍防黟县。当其贼氛四逼，羽檄交驰，日不暇给，文报转饷之路几于不通，旬有五日之间危险万状，复值寒风阴雨，自治军以来，以此时最为棘迫之境矣。二十一日，雨霁，贼退出羊栈岭外，军心乃安。候选知府冯卓怀到营，公委令巡查皖南碉堡。二十八日，驰摺奏左宗棠一军在贵溪大捷，克德兴、婺源两城，十日之内，转战三百馀里，实属调度神速，将士用命。随摺奏保王开化、杨昌、刘典等十三员。又奏建德失守，旋经官军克复，请将九江镇总兵普承尧革职拿问。随摺奏保唐义训、朱声隆、沈宝成、黄惠清、陈玉恒、叶光岳六员。附片奏称：安庆合围以来，江北则大战于桐城，江南则麇集于徽州，无非欲救援安庆。此次南岸之贼，分三大支环绕祁门，作大围包抄之势，欲断臣之粮路，掣臣之军势。贼之狡谋，显而易见。今西路大股未退，而各城均经收复，东路贼已南窜，北路之贼，曾受大挫，当不敢再来犯岭，可望转危为安。此近日军情之梗概。是月援贼至安庆，公弟国荃击却之。
十二月十三日，具摺驰奏贼犯湖囗，彭玉麟以水师，保守，并派船克复都昌县城。彭玉麟请旨交军机处记名，遇有按察使缺出，请旨简放。随摺奏保副将成发翔、都司丁义方二员，阵亡勇弁李逢贵、吴修霖请恤。又奏提臣杨载福水师拔出南陵全军，救全百姓十馀万人之，处善地。杨载福出奇制胜，请赏赍荷包、搬指等物，以示旌异。其出力将弁，由该提臣奏保。又奏官军在黟县庐村大捷并迎剿小溪、渔亭等处接仗情形一摺。又奏上溪囗、江湾两处营盘失陷摺，副将王梦麟、程永年请革职，杨名声已经参革，不准留营。另缮清单开报，上溪囗、江湾两营阵亡员弁徐祚明等二十名，休宁、黟县阵亡伤亡将弁陈青云等二十一名，水陆各营前后阵亡病故员弁张继兴等五十四名请恤。附奏陈明皖南、江西全局一片。
前此贼氛环逼之时，有劝公移营江干，以与水师相附，或退入江西境。公雅不欲轻退，以摇军心，坚忍数十日，势乃稍定。既而隆冬盛寒，各军与贼相持，无大战事。公自言精力渐衰，若不克自持者，然胸怀豁达，成败生死，不复计较，故不生烦恼耳。浙江巡抚王公有龄奏调处州镇总兵刘培元、候选道金国琛赴渐差委。
公奉寄谕。二十八日具摺复奏，刘培元现在湖南，能否赴浙，应由湖南抚臣酌核复奏；金国琛现在安徽李续宜营中综理营务，不能驰赴浙江。又奏湖南官绅设立东征局，于本省捐之外，酌抽金协济皖南北两军之饷。凡盐茶各商抽收较多者，应仿照江西茶捐之例，给予奖叙。请饬部颁发执照，寄交湖南经收填用。附片奏：湖南一省向食淮盐，自粤匪扰乱，运道梗塞，于是湖南尽食川私。本年川井被贼蹂躏，盐价骤贵。臣在江西，曾奏借浙盐抵饷，拟仿照成案，借运粤盐于湖南行销。酌抽金，以抵淮课，犹不失为两江任内应筹之饷。请敕下户部，查照办理。又奏请简放九江镇总兵一缺。又奏报近日江皖军情一片。又奏桐城县知县杜滋、铜陵县知县柴时霖开缺改选教职一片。又奏：臣驻祁门，距京较远，部文到营太迟，诸多不便。应请饬下军机处，凡遇臣处奏事，批摺发下之日，即将本日谕旨随同钞发。又具摺奏采访忠义第二案，官绅士民妇女共二百五十九名。
附片奏报常州武进县举人赵起合家男妇共三十二人，在常州府城殉难，阳湖县职员曹禾守城伤亡，均请优恤，并请建立赵起专祠。是为第三案。
是岁东南寇乱方剧，惟秦晋差安，其馀各行省征战之事，纷不可纪。公职任崇高，控驭广远，章奏较多于前。嗣是循例奏案，不能悉纪矣。
