夏四月戊辰（初四日），湖广岳州水师总兵官万正色奏闽海情形、水陆战守机宜。上谕：『万正色剿寇洞庭，着有劳绩。今岳州、长沙诸处悉已恢复，无烦水师。且万正色闽人，稔知水性；兹剿灭海寇之际，从优加太子少保，调为福建水师总兵，率所部官兵速赴闽中。其标下兵有不谙水性者仍留岳州，以见在投诚兵内习水性者补额携往。至闽之日，即以所条奏事宜与大将军康亲王等会议酌行』。旋以万正色为福建水师提督，统辖全闽水师营务。
壬午（十八日），谕议政王大臣等：『览学士孔郭岱等报，广西悉已底定；宜速移文令简亲王及穆占等之兵不必进广西。但莽依图、舒恕、额楚等兵力稍单，亲王及穆占等兵内选有马精兵每佐领三人或四人，遣前锋统领希佛率赴莽依图等军前，于通云南要路，宜从何路协力前进囗公议进发。至于广西，见无官兵；平南王或宜同大兵前进、或宜驻广西适中要地，亦同将军大臣等共议而行。其彝陵兵徒尔坐守，似属无用；宜整缮甲兵，自归州、巴东作进兵状以制之。巴尔布本在彝陵，即遣彼在归州、巴东效力。并令都统噶尔汉等率兵同总督杨茂勋、提督佟国瑶等前进，宜由何路协力扑灭山贼或规取兴安囗听其酌使而行』。
福建总督姚启圣奏：木武镇伪总兵陈士恺率伪文武五十五员、兵一千四百三十一名投诚。下部议叙。
福建总督姚启圣奏：海逆总伪兵郑奇烈率伪官五十三员、兵丁千余投诚。下部议叙。
五月庚戌（十七日），奉命大将军康亲王杰书奏：『海贼伪总统刘国轩等侵犯江东桥，平南将军赖塔等统官兵迎击，贼败走太平寨，追杀千余』。下部议叙。
甲寅（二十一日），先是，湖南用兵，令江南造鸟船百艘送岳州军前。至是，岳州既复，无须舟舰。上谕议政王大臣等：『万正色赴闽时，即令其领在岳鸟船并水手以行。至江南、浙江，更选战舰共百艘携往，以资征剿』。
秋七月庚子（初八日），户部郎中布詹等奉差浙江巡海，上谕之曰：『浙江沿海地方，关系紧要。尔等前往详察，设立巡海官兵；如额兵单弱，即酌议增设。至于奸恶兵民贩卖粮米，因内地利少、出海利多，冒死越界句连贸易者有之。欲灭海寇，必断内地私贩。尔等宜加巡察，如将军、督、抚、提、镇所属人员有犯禁者，即鞫审以闻；务期不时访缉，杜绝往来贩卖，庶奸宄屏迹，海氛可靖矣』。
八月癸亥朔，谕议政王大臣等：『攻击海贼营垒，宜用火炮。内造西洋炮甚利，且轻便易运；可令湖广巡抚张朝珍以湖广所有西洋炮二十具，委官递送福建总督姚启圣军前，用资剿御』。
福建总督姚启圣奏：『海逆郑锦以台湾为巢穴，志必不降，断不可遣人招抚。其伪武平侯刘国轩乃贼中渠帅，颇能用兵；请赦其前罪，授以公爵。伪将军吴淑本无反志，由部将追胁；请赦其前罪，授以侯爵。至伪总兵陈昌、林升、江钦、吴潜，均请畀以总兵官，实授管事。此数人若解体投诚，则郑锦势孤，海寇根株立可芟灭』。上谕：『凡逆贼有率众来归及献城纳款者，必俟投至之日，方论功议叙；岂有未经投顺，先爵以公、侯之理！刘国轩等果输诚立效、率众来归，富赦其前罪，仍行论功。该督可遣人以此意往谕之』。
先是，总督姚启圣奏：『平南将军赖塔久镇潮州，兵民俱已心服；今在漳州，宜令兼辖潮州』。上允之，命赖塔兼辖潮州。至是，赖塔奏：『臣身在漳州与贼对垒；且满洲大兵系大将军康亲王杰书统辖，潮州地处遥远，实难兼辖』。上谕：『成命已颁，仍令将军赖塔兼辖潮州。如须用满洲大兵，许一面酌量调遣、一面申报大将军康亲王』。
先是，海澄公黄芳泰题请暂驻汀州，为其殉难兄黄芳度营葬。至是，总督姚启圣奏：『汀、漳二郡多有冒称海澄公家人者；即有奸宄，有司不敢问。且伪将军吴淑、吴潜等曾害黄芳度，因黄芳泰在汀，不敢来漳归顺。黄芳泰不宜久留汀州』。上命黄芳泰携家赴京师。
癸酋（十一日），福建巡抚吴兴祚奏：『招抚伪总兵蔡冲琱等三员、伪官八十五员、兵丁一万二千五百一十七名，招回岛民三千一百九十余名；共获大小船六十七只，分拨水师营用』。下部议叙。
乙亥（十三日），奉命大将军康亲王杰书奏：伪总兵杨彩、黄柏、伪水师三镇总兵吴定方、伪副将陈化甲等各率伪官兵丁投诚。下部议叙。
九月辛亥（十九日），命简亲王喇布率守桂林、莽依图进师云南。
冬十月己卯（十八日），广东提督侯袭爵奏：『海逆盘踞井洲诸岛，臣与潮州镇臣马三奇等率兵水陆夹击，攻破井洲岛，焚烧贼船、贼巢，斩杀甚多；生擒伪参将等员，获器、伪札无算」。下部议叙。
癸未（二十二日），福建总督姚圣奏：『双头洞系浙、闽交界，贼首陈起万等啸聚。臣会同提臣杨捷、抚臣吴兴祚于五月初九日至流江地方，水陆夹击，大败贼众；杀伤无数，获其船只、器械』。下部议叙。
甲申（二十三日），兵部议覆：奉命大将军康亲王杰书请题参将曾承补授兴化总兵。上曰：『总兵封疆要职，自当遴选。总督既未列名，岂可遽将参将超补！况地方渐次平定，必须遴选得人，庶不至贻误军机也』。
谕奉命大将军康亲王杰书曰：『自数年用兵以来，所费钱粮不赀，以致民力疲困。今大破湖南贼寇，余孽遁入云、贵，扼据险要，抵死支持；其势旦夕殄灭。惟福建海贼窃踞海澄，倚厦门、金门为营窟；骑兵无所用其力，惟藉水师楼橹攻取，甚属紧要。王等曾言今岁荷兰国船若到，于八月内进攻海寇；倘荷兰国船愆期，当内徙边海人民，坚壁清野以待其困。今岁因荷兰国之船未至，故前议不行。近者福建绿旗兵丁较取厦门、金门时渐增数倍，即无满兵，止以绿旗兵丁剿灭贼寇，未为不足。见在福建满兵甚多，应即撤一半以省粮饷，以苏民困；但耿精忠尚在闽中，虞有意外之变，故暂为停止。朕思即令耿精忠来京，此辈惶恐疑畏，或生他故；如留耿精忠在彼，王亲率满兵一半回京，似属不可。设必候诸处底定，则福建需用粮饷，较之他省不啻什百。为今之计，王当开谕耿精忠，令其陈奏请安，诣京陛见。倘耿精忠因王之言具奏，止可令其自来；若耿精忠未能即行，王独率满兵一半先回，则势更有所不可也。此事关系甚为重大，王当详细筹划具奏』。
庚寅（二十九日），奉命大将军康亲王杰书奏：『都统喇哈达遣副都倭申巴图鲁于十月二十六日进抵东石，系败贼众，杀伪参将林英，擒伪总兵陈深等及贼兵一百六十三名』。下部议叙。
十一月庚子（初九日），宣义将军尚之孝奏：『大将军康亲王咨称：福建、江西接壤之地，尚有逆贼江机、杨一豹扰害建宁、邵武诸处，令臣速进兵剿灭。臣星夜至汀洲，整顿甲兵进剿』。上谕：『尚之孝速先平建宁诸处之贼，仍遵前旨率兵赴江西，与总督、巡抚、提督等共商剿抚江西余寇』。
庚戌（十九日），福建总督姚启圣奏：『臣以进攻厦门、金门等岛，酌拨兵一万四千名赴水师提督万正色军前。第沿海诸汛地兵力单弱，请召募新兵补额』。得旨：『进取厦门、金门诸处，事关重要。该督调拨兵丁，听万正色统领，克期破贼。其所请募兵补额，俟大将军康亲王题明满兵应撤、应留之处再议』。
甲寅（二十三日），昭武将军福建提督杨捷奏：『江西贼首伪都督吕贵等率贼三千余人犯崇汛，建宁城守游击李英破贼于岑阳山，悉歼其众』。下部议叙。
己未（二十八日），奉命大将军康亲王杰书奏：靖南王耿精忠、平南将军都统赖塔等遣兵败「海寇」于鳌头山。下部议叙。
十二月壬戌朔，先是，湖南总督蔡毓荣奏：『大兵进取辰龙关，必由枫水岭一路齐进；请专责一人总统之』。至是，议政王大臣等以蔡毓荣、周有德二人请旨简用；上命蔡毓荣为绥远将军，赐敕谕曰：『大兵进剿云、贵，各路绿旗官兵必须专责一人总辖调遣，始克允济。特授尔为绥远将军，总督常德、武冈等处所有各省调拨官兵；及湖广全省绿旗兵马，听尔酌量调度前进，底定疆圉。总督董卫国、周有德、提督桑峨、赵赖、周卜世俱听尔节制，商酌而行。一切平定云、贵及剿抚事宜，惟尔专责。至楚中见任文职官员。听尔遴选贤能，携赴军前调用。如有能备刍粮克济军机及官兵有能首先夺关、冒险直入击败贼众者，尔即开列劳绩具疏奏闻，论功加等议叙。如有临阵退缩、运粮违误者，副将、知府以下各官，即以军法从事；其以上各官，指名飞章参劾，从重治罪。水陆兵将不相习者，尔即具奏酌行更调。尔定期进取恢复地方，将破贼事宜密行知会广西等处王、将军、提督等齐乘机会而行；尔须严督兵将相机前进，力行剿除，毋得迟延，坐失时会。仍严加侦探，毋致疏虞。大兵一到，抗拒不顺者戮之；有先被贼胁从，实时迎降者，俱免诛戮。有能擒杀贼渠投诚者，分别升赏。须严禁兵将、申明纪律，经过地方毋得骚扰百姓，归顺良民加意抚恤。尔膺兹重任，宜掳忠竭力筹划周详；剿抚兼施，早奏肤功，以副朕简擢至意』。
丁卯（初六日），免福建海澄等十三县被兵逋赋。
己巳（初八日），福建水师提督万正色奏：『新船虽竣，旧船尚在督修；且檄调诸路兵及炮手，犹未悉至。臣即以新船配官兵先赴定海训练，俟舟师辏集，定期水陆夹攻』。上谕：『江南总督阿席熙速选善用炮者二千人送该提督军前，福建总督姚启圣等亦速遣士卒、修整舟舰。提督万正色其严饬将士，凡大兵所至，务当抚绥被寇之人，毋妄肆滛掠，负朕恤民至意』。
庚午（初九日），上召侍郎达都问曰：『尔自福建来，海寇形势如何？今岁有荡平之机否』？达都奏曰：『臣来时，厦门、金门贼势大挫，贼船较前甚少。闻海中粮米无从凑集，贼不能久待，不日可以底定』。上曰：『今海禁已严，贼粮何从而来』？达都奏曰：『贼所恃屯粮之处，俱为大兵所有；惟向广东高州海岛稍稍窃运而已』。上曰：『当贼匮粮之际，我大兵速取海澄要害之处，则贼失所凭依；全闽地方，可不久大定。若谓贼势较前已减，姑俟相机徐图，则贼何时可尽灭乎！夫师行既劳，民力重困；若能一举灭贼、地方速平，则大兵无野处之苦，民困亦自此苏矣』。
癸酉（十二日），福建水师提督万正色奏：『臣标前、后二营已设官兵，尚余新募水师万人；请增置援剿左、右、前、后四镇，各设总兵等官，即以投诚总兵林贤等补授』。下议政王大臣等集议行。
康熙十九年庚申（一六八○）春正月丙申（初六日），谕奉命大将军康亲王杰书：『王所奏据实指参事，已经览悉。朕思凡行一事，必前后计虑；果有裨于国家，始可举行。若轻率妄动，必致舛错。今广西、湖南、汉中、兴安等处俱已底定，逆贼余党引领以冀归正者。不止百千。若将耿精忠即行正法，不但已经投诚之人，以为后日亦必如此声明其罪；即未经投诚之人，睹此寒心，亦未可知：关系重要。前朕手谕欲令耿精忠来京者，盖撤回福建一半满兵之意；非欲即行处决，俾其先来也。如王善能劝谕令至京师，诸事皆得平安。王但加意开导之，不可轻举；彼如必不赴京，再行详悉密奏候旨』。
二月辛酉朔，谕议政王大臣等：『今成都、保宁皆已恢复，宜乘此机会速定云、贵。四川既平，湖广已属内地；其令顺承郡王勒尔锦、贝子准达、都统范达礼等尽率所部兵沂江而上，规取重庆；顺承郡王等即于重庆驻守，将军吴丹、鄂克济哈与赵良栋等同进取云、贵。吴丹、鄂克济哈于顺承郡王军中简精锐马兵，将之前行。总督杨茂勋、提督王之鼎驻守成都，王进宝驻守四川，徐治都还军守彝陵、荆州诸处』。
广西巡抚金俊奏：『海贼谢昌、李积凤等不时侵掠沿海地方，请调平南王藩下都统王国栋等前往剿御』。得旨：『都统王国栋等身在省会，不宜纵贼狓猖；着同副都统尚之璋、总兵官宁天祚等率藩下舟师速图剿御。贼退之后，更有侵犯内地者，即与巡抚金俊会商扑灭』。
癸未（二十三日），先是，命福建总督、巡抚、提督酌定进剿「海寇」机宜。巡抚吴兴祚奏：『臣询之习知贼中情形者云：贼〈舟宗〉虽多，不如我新造鸟船坚固便捷。今郑锦悉调舟舰，皆在海坛齐集；宜乘风汛甚利、将士方锐，先攻取海坛，破贼藩篱，则厦门、金门俱可乘势而下。臣已与提臣万正色决策：万正色以水师直攻海坛，臣率标兵赴同安同督臣姚启圣、提臣杨捷调陆路兵规取厦门』。万正色亦奏：『荷兰国船迟速莫必，转盼三、四月间南风一作，我舟师即难前进。今新旧大小船只俱集定海大洋，抚臣吴兴祚前来阅视，知其可用；臣已决计进讨。吴兴祚率标兵驰赴同安，为臣声援；督臣姚启圣、提臣杨捷调陆路兵据围头，以遏贼出入。臣定于二月初四日，进取海坛』。至是，万正色奏：『臣统率官兵由定海进发，于本月初六日抵海坛；贼乘舟逆战，臣分前锋兵为六队直冲而入，亲统巨舰继之。又以轻舟绕出其左右，并力夹攻。炮火齐发，击沈贼船十六艘、溺水死者三千余人，余贼溃遁；我舟师遂驻泊于海坛』。上谕：『巡抚吴兴祚、提督万正色灼见贼势，乘机进剿，已经克复海坛；将军赖塔、总督姚启圣、提督杨捷其会商分拨满洲绿旗水陆官兵，以策应进剿之师』。
