于是将军福康安筹计善后事宜，谓致乱之源，不可不究也。乃劾福建按察使李永祺、台湾道永福先治杨光勋之狱不能尽根株，罪宜除名；而永福又受属官金，与柴大纪同官不举其罪，罪加重焉。台湾县知县王露、权嘉义县知县陈良翼亦以馈永福金坐革职。又以海口文武官以守口为利薮，其弊不可不除也，乃断自乾隆四十二年以后，凡任台湾有守口之责者追脏问拟各有差。于是添置汛兵千二百人，又添设都司以下各官领之。以斗六门巡检移治大武陇，而设县丞一员治斗六门。又移凤山县知县治下埤头，以下淡水巡检移治凤山。又自知县以上皆以五年受代，使久于其职，无苟且心。凡所以为台湾善后计者，既详且备。乃以抚恤百姓、搜缉逸匪、添建城垣委之巡抚徐嗣曾，于五月庚午（初九日）自鹿耳门登舟内渡。台湾平。
上嘉平台湾之功，命为将军福康安、参赞海兰察、领队大臣普尔普、舒亮、总督李侍尧、巡抚徐嗣曾建生祠于台湾嘉义，以旌其功。又图画平定台湾内外功臣于紫光阁，上亲为制赞词曰：
近着剿灭台湾逆贼、生擒林爽文纪事语，以为伊犁、回部、金川三大事各有端文，王伦苏、四十二、田五次三事不足芗其功。若兹林爽文之剿灭，介于六者间，虽弗亲大事，而亦不为小矣。故其次三事讫未纪勋图像。而兹福康安、海兰察等渡海搜山，竟成伟迹，靖海疆，吁亦劳矣！不可湮其功而弗识。故于紫光阁纪勋图像，一如向三大事之为。然究以一区海滨，数月底绩，故减其百者为五十，而朕亲制赞五十者为二十，余命文臣拟撰，一如上次之式。
夫用兵岂易事哉？昔汉光武有云：『每一发兵，头须为白』。况予古稀望八之年，须鬓早半白，而拓土开疆过光武远甚，更有何异而为佳兵之举？诚以海疆民命，不得不发师安靖，所为乃应兵、非佳兵也。然亦因应兵、非佳兵，幸邀天助顺而成功速。此予所以感谢鸿贶，不可以语言形容，而又不能已于言者也。
昔人有言：『满洲兵至万，横行天下无敌』。今朕所发巴图鲁、侍卫、章京等纔百人，巳足以当数千人之勇。绿营兵虽多，怯而无用，兹精选屯练及贵州、广东、湖南兵得近万人，统而用之，遂以扫巢穴、缚逆首。是绿营果无用哉？亦在率而行之者、为之理根倡首、有以鼓励之耳。若福康安未渡海以前，台湾绿营已共有四万余兵，何以不能成功，则无以率而行之者，岂不然哉！
且台湾一岁三收，蔗薯更富。朕若微有量田加赋之意，以致民变，天必罪之，不能如是成功速也。后世子孙当知此意，毋信浮论富国之言，爱民薄敛，明慎用兵，庶其恒承天眷耳。
近日以宫商三百，逐章餍饫其义，竟如幼年书室学诗之时。然彼时但知读其章句，而今则究其义味。因思釆薇、出车诸章，乃上之劳下，其义正，斯为正雅；祈父、北山诸什，乃下之怨上，其义变，斯为变雅。夫上劳下、可也，下怨上、不可也。何则？下之怨上，固在下者不知忠义，然亦必在上者有以致之，斯则大不可也。我满州旧风，以不得捐驱国事死于牖下为耻。其抱忠义，较祈父、北山之怨上为何如？是则绿营之多恇怯思家，伊古有之，无足多怪矣。然为上者不可不存釆薇、出车之意，更不可不知祈父、北山之苦。如其一概不知，而但欲开疆扩土，是诚佳兵黩武之为。望其有成，岂非北辕而适越乎？故因为功臣图赞，而申其说如此，以戒奕叶子孙，并戒万世之用兵者。
大学士一等诚谋英勇公阿桂
勘外守中，未恒亮功。驰咨军务，志每予同。归朝襄赞，剪逆除凶。三登紫阁，福厚功崇！
去岁在山庄筹办台湾军务，其时阿桂留京办事。七月间，又命往河工会办堵筑事宜。是此次军务，阿桂并未办理。惟间有指示方略，谕令阅看，覆奏每多竟见相同。及后报捷之时，阿桂甫得差竣回京。是以一体予以议叙。且以班次在前，故列为功臣之首。
大学士三等忠襄伯和坤
承训书谕，兼通清汉。旁午军书，惟明且断。平萨拉尔，尔曾督战。赐爵励忠，竟成国干！
大学士王杰
典学七闽，肃正士风。台湾民俗，颇悉心中。山海险夷，参画具通。有佐樽俎，图貌记功。
协办大学士吏部尚书陕甘总督一等嘉勇公福康安
金川领兵，已着伟名。几处封疆，吏肃政成。解围擒逆，能人不能。崇封殊锡，嘉尔忠诚！
领侍卫内大臣三等超勇公海兰察
勇弗知书，谋胜智士。匹马弯弓，贼不敢视。欲致活口，射勿令死。进爵锡服，言难尽美！
工部尚书福长安
父兄及己，胥国勋亲。英年习政，其心孔纯。承旨参议，有见敬申。忠良之报，并得图麟。
户部尚书董诰
旧例军务，多用清文。兹或用汉，绿营海滨。治以马上，亦颇效勤。堪同福将，阁表书勋。
闽浙总督李侍尧
以恒入觐，命住闽疆。战固老矣，谋猷允长。渡兵济饷，井井有方。不误军储，其积孔臧。
两广总督一等轻车都尉孙士毅
粤闽接境，唇齿相依。资邻守己，均合时机。向任部员，曾随出师。文武干才，超锡允宜。
福建巡抚徐嗣曾
宣抚之任，安土安民。一应军务，责成督臣。佐之赞之，竭虑摅勤。渡海筹疆，亦可称勋。
成都将军法什尚阿巴图鲁云骑尉鄂辉
无前出力，屯练之兵。将军鄂辉，实率以行。覆穴摧垒，到处成功。勇而有谋，覃国之英！
护军统领穆腾额巴图鲁云骑尉舒亮
金川之役，已为领队；事定功成，统军归内。搜捕逆贼，不遗丑辈；生致逆渠，其能弗昧。
护军统领沙尔玛海巴图鲁三等奋勇男普尔普
随父入都，甫十余岁；既长能勇，晓兵有制。同救诸罗，通路府际。先登拔栅，图容两逮。
福建水师提督健勇巴图鲁蔡攀龙
台湾战将，巨擘维兹。向嘉大纪，乃被所欺。赏罚各当，弗滥弗遗。惟明克允，奉三无私。
上年因柴大纪在诸罗被围日久，谕令酌量，如实不能支，不妨保护义民，全师而出，另图进取。而柴大纪覆奏，不忍将数万生灵委之贼手，仍督率兵民忍饥固守，以待援应。览之坠泪。是以特沛殊恩，封伊伯爵，并赏银一万两，以示优眷。嗣据福康安奏其为人狡诈，予犹不忍以空言遽加之罪。其后德成自浙江差竣复命，细询之，遂将伊居官声名狼藉之处，逐一面陈。因命福康安、李侍尧、琅玕各据实查奏，则其贪劣酿成逆案，种种竟有确据。且当贼匪起事之初，柴大纪正值巡察彰化，不即带兵剿捕，转托称派兵回郡。及闻彰化失陷，仍复观望不前，迟至数日始行，以致逆匪蔓延。其罪尤不可逭。因即令革职拿问。其水师提督员缺即以蔡攀龙调补。盖前此未有人摘发其私，予焉肯为逆诈亿不信之见？迨既经败露，则不得不见其赏罚，以示劝惩。是大纪之前后功罪，予惟协木至公，更无所容心于其间也。
福建陆路提督奋勇巴图鲁梁朝桂
金川剿逆，埋根进首。盐水恒瑞，未免掣肘。及防麻豆，御贼坚守。受创力战，嘉哉鲜偶！
浙江提督坚勇巴图鲁许世亨
黔省之兵，素称勇敢；率以赴军，半天冲险；婴之者断，当之者斩。不愧丈夫，一身是胆！
四川松潘镇总兵奋图礼巴图鲁穆克登阿
斗六、里杙，排竹为城；直砍而入，大败贼兵。陇种鹿埵，内山遁形。搜擒首恶，林林众英。
四川建昌镇总兵札敦巴巴图鲁张芝元
金川随征，超熊罢旅。兹领番兵，以通番语。贼属生縳，贼路严御。卒获生俘，厥功允巨！
台湾镇总兵冲捷巴图鲁普吉保
攻克笨港，本有微功。未解诸罗，贼众难通。贾勇赎过，奋不顾躬。扼科仔坑，逸贼路穷。
散秩大臣赞巴巴图鲁四川土参将穆塔尔
金川降番，功难屈指。兹领军队，有进无止。众志成城，妖氛净洗。晋秩中朝，同仁一视。
