在法易路岛经过重重关卡回到了现实世界，也不知不觉过去了许多年，如今他们早以17岁了，此时的他们早已褪去了过去青涩懵懂的样子，正繁忙的面对着升学毕业考试。但此时，一场席卷现实世界和数码世界的阴谋正在悄悄逼近。
今年的暑假，好不容易大家又聚在一起，突然出现的玄内老人，告知了被选召的孩子们，数码世界以它自身的意志，创造了一个名为“圣徽”的产物，圣徽拥有巨大的力量，足以毁灭整个数码世界和现实世界。而被选召的孩子们必须从他们之一选出一名最强者，去征服“圣徽”，获得它的力量以挽救这个世界。于是，围绕着“圣徽”，一场“圣徽战争”开始了！
众人纷纷召唤出了自己旧时的数码伙伴，但有一个人并没有这么做，这个人就是太一。在经历了最好的朋友和最爱的女人的双重背叛，以及父母离婚、母亲的改嫁、妹妹的离开。这个曾经阳光的少年现在对一切都毫不在意。原本清澈的眼神如今死气沉沉，在他看来，救世主不会由一个失败者来担任。
玄内老人找到了太一，告诉了他，如果他不能在规定的开战日之前召唤出自己的搭档，这场战争就无法开始，那么一旦“圣微”的力量暴走时，一切就都结束了，太一不为所动。过了几天之后，开战日前夕，素娜找到了太一，请求太一参加战斗拯救世界，太一面对素娜的苦苦相求强忍悲伤，召唤出了自己的搭档Sa……亚古兽。但是不曾想到，刚召唤出了亚古兽，素娜就对太一发起了攻击，太一无法相信发生的事实，在毫无防备的情况下，被一直躲在暗处的阿和偷袭，重伤昏迷，亚古兽也被掠走。
不知过了多久，太一从昏迷中醒来，发现是自己的妹妹嘉儿救了自己。此时的嘉儿已经是阿武的女朋友了，父母离婚后嘉儿跟父亲生活在一起，而母亲则改嫁给一个姓卫宫的科学家，故而兄妹分离。此时太一看着自己的妹妹百感交集，流下了男人的泪。然后嘉儿却带来了令他绝望的消息：因为有弟弟阿武和女友素娜以及弟妹嘉儿的支持，其他被选召的孩子们已经一致决定让阿和成为“圣徽”的主人，他们决定以能够究极进化的亚古兽作为祭品，使其他人的数码宝贝也获得究极进化的能力。而嘉儿念在骨肉同胞的情分上，救了太一一命，但是警告太一不允许他再次出现在其他人的面前，否则不用其他人动手，天女兽的弓箭就将刺穿太一的心脏！
