离开了小镇，三人继续出发。“听说大傻谷这个地方发现了绝种的神奇宝贝的化石诶！”小刚拿着地图一边走一边说。“化石？小智不是向联盟要了一块吗？”小霞说道，现在的她一直紧紧拽住小智的胳膊，除了吃饭训练以外一直这样。
“哦？你说那个头盖龙化石啊？”小智听到小霞的话后说道，“那个头盖龙是我以前在一本书上看到的，而且在神奥地方已经有着相当好的化石复活技术，而且已经传入了关都地方，所以我一直很想要一只。”小智说道，其实这是他以前玩口袋妖怪时发现这个神奇宝贝攻击力几乎可以一击秒掉对手，非常恐怖，所以才会很想要一只。
“不过关都的化石也很值得期待呢！”小智说道。“不知道有没有水系的……”“到时候去看看不就知道了……”小刚说到。“这里离大傻谷还有多远啊？”小智问道，他已经很想见到那只化石翼龙了。“不远，还有半天的路就到了……”
中午休息，三人都坐了下来，一块不大的方布刚好容下三人。皮卡丘等一众PM都在一旁懒懒的打盹。小智一把抱过伊布，动作当然是很轻的，生怕惊醒它。“现在最让人期待的就是这个小家伙了！”小智笑着说道，又看了看小霞。小霞已经不再记得那天晚会的事，但似乎深受那天晚上的影响。
伊布睡了一阵，突然伸了个懒腰，打了个大大的哈欠，醒了过来。一看到自己在小智的怀里，就立刻想往小智肩上趴，小智逗了伊布一会儿，伊布突然浑身发光，“哈哈！真的要进化了！”过了一会儿，伊布的进化非常完美，一只优雅的太阳精灵出现在小智面前，小智兴奋地抱起太阳精灵，太阳精灵也伸出舌头舔了舔小智的脸。不过他们却没有发现，自己身后，多了一双眼睛。
“报告，发现他们了！”这双眼睛的主人拿着一个手机正在通话。“继续跟踪，他们可不是你能对付的！小心不要被发现！”手机那头说道。“是！……可是……”“可是什么？”“武藏那几个笨蛋也跟着……该怎么办呢？”“不用管他们，不过要是他们敢妨碍总部制定的计划，那就不用对他们客气了！”“明白！”
“到了，大傻谷到了！”午饭后两个小时，他们终于到了大傻谷。而小智第一眼望去，便是寻找那个自大的小茂。“他在那儿……果然，他到的真快！”小智看到了小茂，小茂正在卖力的挖着石头。
“咦？他身边的那些女孩儿呢？”小智突然冒出这么一句，可是他却看到了小霞那双仿佛要吃人的眼睛，“那个，小霞，我是说他怎么会突然变得……那么低调……就这样，没别的意思……真的！”小智急忙解释起来，小霞看了他一会儿，突然‘扑哧’一声笑了起来：“哈哈……看你急的那个样儿……”小智一阵无语。“其实我知道你的意思……”小霞又正色说了一句。结果小智差点儿没感动的哭……
“好了，你要不要去找啊？”小霞问道。“当然要，不找白不找！”小智答道，那只化石翼龙可是在等着他呢，但他不可能说：“当然要找，化石翼龙可不能被别人抢走了！”于是小智放出了月精灵和太阳精灵，然后吩咐道：“待会儿，你们就用挖地洞挖开地面，如果看到象化石一样的东西，就赶紧咬出来，如果太大，就出来通知我，明白吗？”小智指着一幅画了化石的图对两个小家伙说道。两个小家伙都点了点头。而此时，那只因为得到三人帮助而能够唱歌的胖丁也跟了过来，于是，这番话也被胖丁听到了，而胖丁也高兴地点点头，因为它总是一厢情愿的认为，三人肯听他的歌……
但火箭队的炸弹会不会已经布置好了呢？小智突然想到这一点，“要是洞窟被炸……那洞内的神奇宝贝还能活吗？”小智想到这里不由得惊出一身冷汗。于是他立刻撇下另外两人，独自朝火箭队埋炸弹的地方跑去。
等他跑到那里的时候，引线已经快要燃尽了，“快！飞沙脚！”小智急忙喊道，月精灵和太阳精灵立刻使出了飞沙脚，但是引线并没有因为沙子的关系而熄灭，还是一样燃烧。“啊哈哈哈哈哈~~！不用费劲了小鬼头，这次我们用的引线都是特别制作的，熄不了的！”小次郎突然跑出来大笑道。“就是啊，喵！以前一直吃你们的苦头，等我们找到古代神奇宝贝化石，然后将它们复活之后，就是我们的春天啦，喵！”喵喵也跳出来大笑道。“好了，臭小鬼！我劝你还是乖乖交出身上的神奇宝贝吧！”武藏也不知从哪里跳了出来。
“哼哼！他们几个……还算是有那么点儿脑子……搞不好他们几个还能升官……”那双神秘眼睛的主人站在一块很隐蔽的岩石上窥视着这里，淡淡地说道。而他，就是之前那个辛格。“是该我出手了！”接着，辛格身影一闪，消失在原地。
“轰——！”只听这么一声，炸弹炸开了，而火箭队和小智也想原著一样落进了洞里。而太阳精灵本想用念力抓住小智和月精灵，但是由于是刚刚进化，根本没法好好掌握超能力，结果只救了自己，而碎石已经在转眼间将洞口掩埋。等小霞小刚赶来时，太阳精灵已经急的团团转。
“圈圈熊，集气弹！”随着一声低沉的命令，一颗集气弹打向了洞口，洞口的碎石一下被炸开不少。“谁？！”小霞小刚被这突如其来的一幕一惊，立刻跳到一边，而当他们看到辛格时，表情非常惊讶。
“怎么？我帮你们……难道不欢迎么？”辛格冷冷的笑着问道，“希望你们搞清楚……我现在，是在帮你们！你们没资格拒绝！”辛格又说道。说完后，便不再理会二人：“圈圈熊，破坏死光！”接着，洞口再次遭到轰炸，碎石再次被炸开不少……
再说小智与火箭队。小智掉进洞后，凭着前世炼成的功夫和今世锻炼出的强健体魄，以灵活的姿势安全着陆，接着，又稳稳地接住了月精灵和皮卡丘。火箭队则是以各种奇怪的姿势着地，摔得不轻。
“好黑啊……月精灵，闪光！”小智让月精灵点灯，月精灵点点头，身上的黄色圆环发出明亮的光，这让小智看清楚了洞内的一切——洞窟非常的高，至少有六层楼高，而到处又都是石柱支撑着，而还有一部分地方，月精灵身上发出的光也没能照到，可见这个洞窟非常的大。
很快，一些古代神奇宝贝出现了，无非就是一些菊石兽，镰刀盔之类，而小智最期待的化石翼龙则还没有出现。而眼前这些神奇宝贝出现后就冲了出来，小智立刻带坐到一块石头上，尽量不让自己发出声音，而皮卡丘和月精灵也乖乖地坐着。结果，吵个不停的两人一猫成了它们的猎物，被到处撵。
突然，从黑暗中传来一声低吼，所有人和PM都不由得打了个冷战，而那些追赶两人一猫的远古神奇宝贝都楞了一下，接着，都慌忙逃走了。
“来了么？”小智暗想道。就在这时，一个巨大的黑色身影从黑暗中飞出来，伴随着一阵低吼，火箭队和小智心中都生出一种恐惧——化石翼龙来了！
化石翼龙站在一块巨石上，朝所有人，包括PM大吼一声，接着，全速俯冲下来，以头为中心出现一个巨大的漩涡。“是超级冲击！”小智惊叫一声，连忙向一边扑过去，火箭队也在小智一声大叫后扑向了另一边。躲过了一击。“看来必须打倒它！”这个想法在小智脑中一闪而过，于是，他抛出了另外两个宝贝球，一个是百变怪，一个雷丘。“百变怪，变身化石翼龙！”小智命令道。于是百变怪立刻变身，洞窟内又出现了一只‘化石翼龙’。
“皮卡丘，雷丘，一起使出十万伏特！”就在对百变怪下完指令后，小智又做出了系一部指令，皮卡丘和雷丘就趁着超级冲击带来的一点点停顿时间，一起使出了十万伏特，化石翼龙没法躲避，被两道电流打中，发出了一声惨叫，但这也为他带来了好处——它从超级冲击的副作用中解脱了出来。化石翼龙再次飞了起来。
“什么？”小智咬咬牙低吼了一句。可化石翼龙不会管这些，它又再次冲向了小智这边，头部被一种发白的金属颜色包裹，这回，使出的是铁头。皮卡丘和雷丘不等小智下令，便双双使出打雷，这次更强威力的电系绝招再次命中化石翼龙。化石翼龙被迫减速，但也仅仅是减速，而且速度并没有减多少，还是冲过来。
小智急忙下了另外一个命令：“百变怪，超级冲击！”百变怪立刻学着之前化石翼龙的样子，使出了超级冲击，与化石翼龙的铁头相撞，结果等级的差距显现了出来，化石翼龙至少繁衍生息了上万年。在这种地下洞窟内，食物缺乏，竞敌颇多，搞不好就面临死亡的威胁。因此个个都拼命地强化自己。结果这一下，竟然将百变怪打回了原形，失去了战斗能力。而化石翼龙只是后退了一点点，然后晃了晃脑袋，再次飞在空中摆出攻击的姿态。
就在此时，洞顶传来一声巨响。洞口打开，碎石落下，其中最大的一块刚好砸中飞在空中的化石翼龙，化石翼龙惨叫一声，掉到地上，突然受到意料之外的攻击化石翼龙痛苦的趴在地上，虽然碎石已经在化石翼龙落地之前与它分离，但化石翼龙没能再站起来。接着，一只大嘴雀从洞口飞了下来，还载下来一个人，这个人就是辛格。
“哈哈！多谢你了，小鬼！帮我耗尽了这个大家伙的力气！”辛格大笑着说道，接着，放出了一只沙瓦郎，又拿出一张铁网，一人一PM将化石翼龙包裹起来。接着，收回了沙瓦郎，又放出三只大嘴雀，四只大嘴雀将化石翼龙抓了起来，再带上辛格，朝洞口飞去。
“小刚小霞，快阻止他！”小智不过一切的朝洞口大喊道。小霞小刚因为一直密切关注洞内的消息，所以很快听到了小智的喊声，于是小刚立刻放出了大岩蛇，小霞放出了暴鲤龙。虽然暴鲤龙在水中才能发挥最大威力，但是小霞的暴鲤龙经过长期的训练，已经可以离开水进行飞行。
“大岩蛇，龙吸！”“暴鲤龙，破坏死光！”分别击中一只大嘴雀。结果由于少了两股动力，化石翼龙又重，所以就一起掉了下去。结果刚好砸中趴着瑟瑟发抖的火箭队……
辛格见无法带走化石翼龙，于是立刻坐上其中一只大嘴雀离开了洞窟。还顺手收回了另外三只，迅速逃之夭夭。
小智晃晃悠悠站了起来，此时，小霞小刚已经坐着暴鲤龙带着太阳精灵缓缓降落了下来。而小智站起来第一件事就是检查化石翼龙伤的重不重。化石翼龙对小智大吼一声，但并没有其他动作。小智不明白它的意思，于是放出了鬼斯通。
“你要干什么？（鬼斯通翻译）”“我检查看看你有没有受伤！”“用不着你多管闲事！”“你别这样，我并不想伤害你，只不过是想收服你罢了！”“你有什么资格！？”“至少你让我帮你检查检查伤势！到时候由你决定跟不跟我走，这总行吧？”
化石翼龙没再回答，小智静静的为它检查伤口。经过大概有很长时间，终于将伤口清理完毕，化石翼龙也重振雄风，抖动翅膀，在洞窟内盘旋了一阵，接着落到了小智面前。
“谢谢你帮忙……”化石翼龙道谢到。“不客气。”小智也回了一句。接着，小智就站了起来。但是这一站不要紧，身上掉下来一个宝贝球，是那个大师球。大师球滚到了了化石翼龙脚下。
空气瞬间凝固。化石翼龙看着这颗大师球良久，又瞪了小智和他身后的小霞小刚一眼，又看了看一旁的鬼斯通、月精灵、皮卡丘和雷丘。接着，朝着洞口大吼了一声，吼了很长时间。
很快，化石翼龙做了一个令在场所有任何PM都感到惊讶的动作——它一脚踩住了大师球，但并没有踩坏，而是刚好踩到了按钮上，接着被吸了进去，大师球象征性的晃了两下，灯便暗了下去。化石翼龙，就这样被收服了。小智不敢怠慢，立刻拿出图鉴，选择将嘟嘟利传了回去。
在化石翼龙的搭载下，众人离开了洞窟。而火箭队的三人被留在了洞窟里。但当化石翼龙刚飞出洞口，停在地面上时，众人便看到了一个几乎成为了心中梦魇的身影——胖丁！
