那个逃走的孩子正是石川五又卫门。他从松永久秀府邸逃出后便并果心居士收留。果心居士带着石川五又卫门来到了京都，继续以卖艺为生。然而他表演的幻术实在太过精彩，他每次表演都会吸引大一群人蜂拥而至，也由此立刻成为了京都街头巷尾人们谈论的话题。但是这些名声也给他带来了不小的麻烦。
此时居住在京都的将军足利义辉刚因为不满三好长庆的把持京都的朝政，密谋反抗而被三好长庆驱赶出京都，而掌管京都政务的正是被三好长庆任命为京都奉行的松永久秀。果心居士在京都活动的消息随即传入了松永久秀的耳中，松永久秀立刻加派人手去京都捉拿果心居士。而果心居士也提前感知到了这一威胁，带着石川五又卫门离开了京都，辗转逃于各地。最后果心居士回到了奈良，从此和五又卫门过着隐姓埋名的生活。
某一天，果心居士在庭院中练习幻术，石川五又卫门则蹲在一旁观看。他嘴巴张的大大的，不时赞叹道：“斯稿矣！（日语意为“真厉害！”）”
果心居士见石川五又卫门在一旁看得出神，便问道：“想学吗？”
见五又卫门点了点头，果心居士说道：“其实我这个“幻术”，起源于伊贺的忍术。和伊贺忍术比起来，这只是皮毛。”
石川五又卫门立刻跪倒在果心居士面前，说道“请您教授我忍术？”
“你为什么要学忍术？”果心居士问道。
“我父亲说，松永弹正之所以要杀我们，是因为觊觎我家的‘古天明平蜘蛛釜’。我学成忍术后，要将松永弹正的宝贝一件件偷走，让他生不如死！然后将其斩杀!”
果心居士突然觉得这个孩子很有趣，便心下暗许要收下他。但却笑着说道：“要学伊贺的忍术，你应该去伊贺找一名叫做百地三太夫的忍者，不过伊贺的忍术不会外传的。”
见到石川五又卫门低头失望的表情，果心居士接着说道：“但是伊贺的忍术我也略知一二，我由于某种机缘巧合学会了‘不动金缚术’和‘飞之六法’，你想学吗？”
石川五又卫门听罢转悲为喜，使劲点了点头。
“学习忍术可是很幸苦的哦，你还太小，‘不动金缚术’对你来说太难。我先传授你‘飞之六法’吧？”果心居士抚摸着石川五又卫门的头说道。
‘飞之六法’是伊贺忍者用来训练行动能力的方法，果心居士仿照伊贺训练忍者的方式，对石川五右卫门进行速度、耐力、跳跃能力、攀爬能力、身法、步法等基本能力的严酷训练。这些训练方法都是上次藤林正保传授给果心居士的。
果心居士让五又卫门在腰间绑上一根长布条，布条的末端足以垂到地面。然后让他在胸前要贴上一个斗笠，脸的一半用纸蒙上。等这些都准备好以后，果心居士便让五又卫门尽力奔跑，而且要求奔跑中既要保持长布始终不落地面，也要保持斗笠不掉地上。
“记住，忍者每天都必须锻炼自己的身体，切不可懒惰。一天的休息，需要用三天的训练补回来；三天的休息，需要用一周的训练补回来！你如今的严酷训练可能会在将来遇到敌人时救你一命！”在果心居士十分严厉的监督下，五又卫门硬着头皮撑着。
石川五又卫门还按照百地三太夫的要求，在住处种植了一种独特的麻类植物，这种麻平均每半个月长高一尺，五又卫门每天训练完回家需要反复跳过自己种植的这种麻，用这种方法锻炼自己的跳跃能力。
在石川五又卫门进行的艰苦训练中，最艰难的要属“二指吊之术”，这是一个对修行者的手部力量要求非常高的训练。五又卫门首先需要用两只手将自己整个身体挂在树上一整天。当五右卫门将自己挂在树上进行修习时，果心居士会在他正下方的地面插一把刀，以逼迫他挑战身体的极限。这意味着如果石川五又卫门坚持不住从树上掉下来的话，就会被地面上明晃晃的尖刀刺死。
等五又卫门能够坚持做到双手挂住自己一整天后，就开始开始逐渐加大训练难度：首先是进行单手吊，然后依次用三根手指挂住身体。当修习进行到最后也是最难的阶段，五又卫门只靠大拇指和食指将身体挂在树上，这就是传说中的“二指吊之术”了。
有一次，石川五又卫门实在坚持不住了，从树上掉了下来，眼看就要被地上的刀开膛破肚了。他闭上眼睛掉到地上，然而当身体碰到刀尖时，刀居然弯折了。吓得一身冷汗的五又卫门跳起来查看究竟，才发现原来这把刀是纸做的。看到五又卫门冷汗直流，后怕不已，果心居士却在一旁指着五又卫门大笑不止。
经过这些十分艰苦的训练，石川五又卫门的弹跳力，速度，耐力都要比常人强大很多了。完成‘二指吊之术’的修习后，五又卫门便能够轻松将自己悬挂在屋檐上，翻墙探瓦轻而易举。为了训练自己的实战能力，五又卫门开始潜入一些富户进行偷盗。他白天打扮成货郎在京城探听情报，了解富裕人家和宝物情况，夜晚便秘密潜入目标家中作案。
如果不是经历这些事情，石川五又卫门也许会成为一个武士，但是他也就没有机会发现自己原来如此具有成为“日本第一大盗”的潜质。他刻苦训练的动力很大一部分来自于对报仇的渴望。不过他已答应果心居士自己数年内要用心修习忍术，没有经过果心居士的允许不能去找松永久秀报仇。
一天，果心居士正在自己的房间里写信。信是寄给他的挚友，伊贺的上忍藤林长门守的。果心居士提笔写了几行，听到窗外一阵脚步声，便抬头望去。只见五又卫门正身手迅捷地落到院子里，手上拿着一把精美的刀。
果心居士认出这是三好长庆平时珍藏的名刀“大般若长光”，是备前的刀匠长光的作品。这把刀曾被喜爱收藏名刀的将军足利义辉以六百贯的价格买下珍藏，因为价格正好与“大般若经六百卷”的数目一致，因此被取名为“大般若长光”。后来足利义辉在三好长庆的庇护下来到京都成为将军，他便将此刀赐予三好长庆以示感激。据说三好长庆得到这把刀后便爱不释手，连睡觉都要抱着它。
果心居士想起五又卫门前几天说过要去三好家偷一把名刀，原来就是这把。一想到三好长庆发现自己心爱的“大般若长光”被窃时的表情，果心居士不由得掩口大笑。
“这把刀你打算怎样处置啊？”
“五百贯卖给明朝人！”五又卫门说完，飞快地回到了房间。
看着五又卫门一天天成长起来，他的身手甚至可以赶上伊贺的忍者了，果心居士感到欣慰之余，也突然觉得自己已经没有什么能教他的了。
“是时候让他去伊贺看看了！”，果心居士心想，然后提起笔继续写着。
