1980年3月，《人民日报》和上海《解放日报》、《文汇报》曾载有一则人事任命报道：中共中央书记处任命朱雅轩同志为上海交通大学副校长。当时，朱仅45岁，是全国高校最年轻的一位副校长，其职称仅为刚提升不久的讲师。
何以一个讲师能直接提为副校长呢？这就说来话长。
朱雅轩于1959年毕业于本校船舶制造系，留校任教，又曾去哈军工进修一年；原定留苏，到北京学了两年俄语，因中苏交恶而作罢。这就是说，他一直作为可深造的苗子，受到党和国家的精心培育。
1969年，他从学校被借调去从事某种型号的侦察卫星研制项目，任总体负责人之一。具体分工负责电子侦察，一干就是七年，成果卓著。正是在这七年中，他积累起国家重点科研项目的组织管理经验。1976年奉调回校任系主任，不久，任校科研处处长，全心全意地投入学校的管理改革，在邓旭初和党委的大力支持下，充分表现出他的智慧和才能，常常有独到见解。为此，邓旭初去京跑各个部门联系工作，不仅伴有当时任副书记兼副校长的张寿，也带他同行，既对他作进一步的考察，历练，也兼作“高参”。
张寿和邓旭初一次出差北京在闲谈时，张寿说：“朱雅轩这个人不仅有主见，而且很厚道，他明知坐机关，影响其学术上的成就，却顾全大局，不计较个人名利得失，十分难得。该给他多压点担子，充分发挥他的作用。”
其实，张寿所说的，正是邓旭初最想听的话，他想给朱雅轩压担子，如果与副书记兼副校长的张寿看法不一致，这就很难办。现在好了，这就解决了一个大难题。
于是说干就干，两人商量之后，马上找朱雅轩谈心。
先是张寿开腔说：“我们认为你又红又专，想请来当副校长，协助我们工作……”不料，朱雅轩接上他的话头说：“我是国家培养出来的人才，当然一切应听从组织的安排，以组织交办的任务为重；不过一个人的时间有限，时间是绝对的，社会工作做的多了，学术方面必然受到影响，我把学术等其他工作放在了第二位，因此，谈不上又红又专。”
当时，朱雅轩尚在科研处长任上，他冲着邓旭初说：“你曾对我说过，‘有人说我重科研、轻教学，其实非也！但我确是希望科研一定要出成绩。不但出成绩，而且要出大成绩。出大成绩，我宁可不要短效，而要长功。哪怕十年磨一剑也成。’”说到这里，邓旭初直点头，此话确实说过。
接着，朱雅轩说：“现在学校规定教师的工作量三分之二用于教学，三分之一用于科研。针对这一规定，有位诺贝尔奖金获得者说过，‘你们三天打鱼，两天晒网，这怎么搞出名堂？我进实验室，可以多少天没日没夜不出来。’因此，交大科研真要搞上去，就得创造‘没日没夜不出来’的条件，这就非有专职编制不可。现在全国高校都是教学科研打混仗，这样下去是不行的。根据粉碎‘四人帮’以来这几年与企业接触的实践，他们对高校最佩服的是信息灵通，开口全国，张口世界，最不放心的就是‘三天打鱼，两天晒网’，接了任务不能准时完成。你要准时完成，就得有专职编制。”
建国以来，大学从无专职的科研编制。但朱雅轩认为事在人为，可以争取。经过“文革”，不光交大人浮于事，几乎所有大学都超编，与其一个人工作量多人分摊，不如分流专职搞科研，何况专职科研编制除去带研究生，仍可兼职本科生的教学。同时，也不排斥搞教学的兼职科研。还可筹建跨系跨学科的组织，既有利于科研，又更有利于提高教学质量。也只有这样，才能体现和完成国家所要求的：大学既是教学中心，又是科研中心，承担起“两个中心”的任务。
接着，他又指出，真要几天几夜不出实验室，尤其是中年教师，上有老，下有小，家里的孩子谁抱，菜篮子谁提，煤炉子谁生，有病人谁来服侍……因此，还得采取解除其后顾之忧的实际措施。
朱雅轩的这番高论，如同人未上台，就发表了他的施政纲领。但在邓旭初听来，不仅无任何反感，就差举双手赞成。
最后，朱雅轩还居然引用了列宁的一段话作总结。这就是列宁在布尔什维克掌握了政权之后不久的一段话“对俄国来说，根据书本争论社会主义纲领的时代已经过去了，我相信已经一去不复返了。今天只能根据经验来谈论社会主义。”这就是说，要把交大搞上去，就得根据党和国家的总的发展方向，结合交大的正反两方面实践经验，来规划交大未来的发展。
邓旭初何以那样看重朱雅轩？
1976年朱奉调回校任系主任，不久，任校科研处处长。
给邓旭初印象最深的，一是“讲师楼”的分配。邓旭初召开了一个分房座谈会。在七嘴八舌的议论纷纷中，朱雅轩发言，他说：“说是分配住房，其实对教师来说，不完全是住房，为什么？你想，一般职工下班回家，无非是吃饭睡觉。但当教师的一是没有坐班制，二也没有他的办公室，他回家，还得学习、备课、写作，因此，教师住房还兼有办公室的功能。我想把这个道理讲清楚的话，把住房先分配给中年教师、尤其是有贡献的中年教师困难户，大家会谅解的。更何况，只要把教学、科研，创收搞上去，有先有后，大家都有希望！”
尽管这一说法不合乎常规，却又合乎人情，符合轻重缓急，人们平心静气地想想，45套住房数量极为有限，对1000多户困难户而言，杯水车薪，不管按什么标准也摆不平。不如权作一种“特殊奖励”，倒是无话可说。
邓旭初在一次会上把这个道理讲深讲透，果然获得了人们的谅解。邓旭初把朱雅轩当作“高参”，看来这件事起了很大作用。
二是就在朱雅轩任科研处长这一期间，他全心全意地投入学校的管理改革，充分表现出他的智慧和才能，开创了交大科研的一个崭新局面。
这才有了以上的任命。
就在谈心不久的当年，经过他多次去京陈述请示，国家教委终于首开纪录，给交大设置了科研编制。
当他被任命之后，他就按照他的理解和设想，甩开膀子干将起来。在校党委的统筹领导下，学校在原有基础上，相继建立起生物医学工程、系统工程、热科学、能源、环境工程和海洋工程等多个跨系委员会。又根据学科发展特点和科研项目的潜力和社会效应，择优发展，陆续成立了一系列专业研究所和研究室。
专职科研队伍也并非完全脱离教学，不少人仍兼有本科生教学任务。
两个中心，相辅相成，相得益彰。从而使原先的“船舶工程学院”，不仅重又恢复到“老交大”风貌，且日益发展成为具有现代学科的综合性理工科大学，向全国一流大学迈进。
与此同时，他又亲自抓了若干重点项目，如“358”雷达研制课题。这是“文革”延续下来、国家下达的一项重点军工项目，技术指标很先进，但搞了11年之久，仍裹足不前。经邓旭初认可，朱雅轩采取了经费下放、责任到人的措施，并由系主任亲自挂帅，令学校机械厂紧密配合，仅用一年时间，就顺利地完成了任务。获得了国防工委和六机部的嘉奖。附带说一句，这一“经费下放、责任到人”的措施，从此，变为交大科研的常规。
在不少重大科研工程实施中，使邓旭初最难忘的是“121”垂直磁纪录仪研究工程的一段坎坷经历。这项工程是国家重点投资项目，也是一项高难度的高新技术攻关项目，在这个领域领先的只有美国和日本，且技术上的竞争十分激烈。我国与这些国家的技术差距不下20年。如能有重大突破，将是对国家一大贡献。
