1596年的一天，在法国西部图兰省和布瓦杜省交界处的小镇拉埃（现名拉埃—笛卡儿），一个婴儿来到了世上。父亲望着孱弱的孩子和躺在床上的母亲，一筹莫展。母亲生下这个孩子后就病倒了，不久就去世了。
父亲是一个有名的绅士，也是一位律师，是布列塔尼省的参议员。他面对失去母亲的婴儿不知如何是好。多亏了家中的保姆愿意照看这个孩子。这个孩子高烧不退，许多大夫束手无策，父亲非常担心他也会随母亲而去。在保姆的精心护理下，孩子居然活了下来，父亲因此给他取名为勒内·笛卡儿。Rene’在法文中是“重生”的意思。
不久，父亲又结了婚，娶的是一位布列塔尼省的女人。他们一起住在布列塔尼省，把小笛卡儿交给保姆来照顾。因此，笛卡儿自幼就失去了母亲和父亲的关怀，这也许是他生性孤僻的原因。
小笛卡儿在保姆的照看下，一天天地长大了。
白天保姆领着他在庄园里散步，指给他识别各种植物的昆虫；晚上保姆给他讲许多优美的故事，讲得最多的是《圣经》里的故事。小笛卡儿总是刨根问底，想知道每件事情的原因。
一次，保姆给小笛卡儿讲《圣经》里诺亚方舟的故事，小笛卡儿问保姆：
“那个方舟多大呀？”
“要造多长时间才能造成啊？”
“从进到方舟里到出来是多少天呢？”“他们储存的粮食够吃吗？”……
保姆耐心地一一回答小笛卡儿的提问。有时笛卡儿还扳着自己的小手指头算着、数着。好长一段时间，小笛卡儿都在想象那个方舟的形状，想象着它在水里是个什么样子，会不会翻转。
保姆有时也给他讲希腊罗马的神话传说。小笛卡儿最感兴趣的是太阳神阿波罗和科学女神缪斯。他问保姆：“是不是缪斯什么都知道？那我有不知道的事情是不是可以问缪斯？”保姆总是很慈爱地摸着他的头说：“是的，是的，我的孩子。”保姆每次见到他的父亲都把这些事讲给他听。父亲用欣赏的目光看着小笛卡儿。小笛卡儿问父亲：“父亲，这世上的一切事物都是神创造的吗？”父亲说：“是的。”“那么，我呢？我是神创造的吗？”父亲无法回答了。
小笛卡儿很无奈地摇了摇头。父亲坐在高背的椅子上笑呵呵地拍着小笛卡儿的肩说：“我的小哲学家，你是要把世上的一切问题都弄懂吗？”小笛卡儿认真地点点头：“是的，我会的。”父亲看着小笛卡儿一本正经的样子，开怀大笑起来。
在这样的环境中，小笛卡儿长到八岁时，父亲对小笛卡儿说：“我的小哲学家，你该上学了，愿意吗？”小笛卡儿在保姆给他讲的故事里，听到过许多学校里的事，他早就向往着那样的生活啦！见父亲这样问他，高兴得直点头。
父亲说：“我想送你去拉夫赖公学读书，那里的教育是全面的、高级的，但是会很累，孩子，我怕你的身体吃不消。”小笛卡儿说：“爸爸，我愿意去。我喜欢一流的学校，我要成为最好的学生，累一点我不怕！”于是小笛卡儿被送到法国国王亨利四世创立的并由神父们经办的当时最有名的学校之一——拉夫赖公学，在那里学习拉丁文、希腊文、诗学、物理学、数学、逻辑学、道德学、形而上学等课程。这给他一生的学术生涯打下了稳固的基础。
拉夫赖公学汇集了来自四面八方的贵族子弟。可是，校长独独喜欢好提问题的小笛卡儿。每天早晨要很早就开始上课，小笛卡儿坚持了没几天就病倒了。校长亲自去探问，小笛卡儿嚅嚅地说出了原因。原来，他习惯睡早觉。学校的生活打破了他原来的生活规律，加上身体本来就虚弱，因此病了。校长马上决定他可以不那么早去教室，允许他一直睡到他想去教室的时候。
这样，他每天早晨在床上自学大量的数学、哲学等知识，这成为他数学和哲学思想的主要来源。
在这些同学中，笛卡儿最喜欢与梅森（Marin Merenne）在一起。他们一起探讨数学问题，一起玩耍，做各种有益的游戏。
一天，笛卡儿正躺在床上看书。这是一本他早已看过的书，看了一会儿，觉得没有什么新鲜的东西，就把书放下，双手放在脑后思考着。
这时，门开了，梅森走进来，手里拿着一本书。他说：“笛卡儿，我借到一本书，拿来给你看。”笛卡儿非常高兴：“谢谢你，梅森，我正没有新书看呢！”笛卡儿和梅森就这样互相帮助，一起学习，后来都成了著名的数学家。
拉夫赖公学因为是教会的学校，所以学的大多是神学和经院哲学。笛卡儿自学了许多新兴的自然科学书籍之后，看出了学校传授的经院哲学的破绽，并得出它“没有一件事是不可疑”的结论，只有数学家克拉维斯（ChristopherClavius，利玛窦的老师）编写的《代数学》课本使笛卡儿学到了16世纪数学的成果。
笛卡儿的这种思想，遭到了老师的打击。有的老师向校长提出不让他睡早觉，以免他不上课，看一些违反神学的书籍。校长把笛卡儿找到了办公室。
“情况可不太妙哇，我的孩子。”校长对笛卡儿说，“有好几位老师对我说你很顽固，不喜欢听老师讲课，对他们的观点大加指责，有这回事吗？”“是的，我觉得他们的观点漏洞百出。”笛卡儿如实地答道。
“可是，我的孩子，你不能指责他们，因为他们是老师。”校长努力地想把话说得更合理一些，“这些观点已经千余年不变了。”“可是，不变的东西不一定就是对的，而且永远不变是不可能的。”笛卡儿睁大双眼认真地说。
“然而，你要这样下去，会使老师们反对你，而且，你会失去睡早觉的机会。”校长只好把最终想说的话说了出来。
笛卡儿不说话了。他怕失去早晨那段自由支配的时间，那些时间是用来阅读他喜欢的书籍的。
“你能保证以后不再指责他们吗？”校长问。
“好吧，我以后不了。”笛卡儿不得不作出让步。
然而笛卡儿没有屈服。尽管他对老师们的做法很伤心，但他仍继续阅读那些哲学、数学、文学、历史等珍贵书籍，他的思想也日趋成熟。
1612年，笛卡儿经过8年半的学习，以模范生毕业。
毕业这天，父亲来学校接他。16岁的笛卡儿已经长成了大小伙子。他对父亲说：“在这样的学校求学，并没有得到别的好处，只不过是愈来愈发觉自己的无知。”父亲看着他青春焕发的样子，非常高兴：“孩子，我对你的成绩非常满意。我们家是律师家庭，所以我希望你去学法律，你同意吗？”笛卡儿对法律不是非常感兴趣，但父亲的要求他只好答应。于是他进了波埃顿大学攻读法律。
