建立后，利用高丽作侵略日本的基地，对高丽人民的剥削加重，高丽人民曾多次举行反元的武装斗争。
拔都西征窝阔台关于再次大规模西征的决定，是与伐宋的决定同在公元1235年作出的。事宋金对峙实上，他在即位之初就已经开始向西方派兵了，那是由札兰丁图谋重建花剌子模帝国引起的。1224年成吉思汗东归后，札兰丁从印度回到伊朗，很快夺得起儿漫（在撒马尔罕与布哈拉之间）、伊斯法罕等地，被花剌子模旧将和各地诸侯拥戴为王。其后年内，札兰丁进取阿塞拜疆全境，占桃里寺，侵谷儿只，攻巴格达，恢复了许多原先被蒙古军攻占的地方。因此，窝阔台即位就派箭筒士绰儿马罕领军3万征讨札兰丁。绰儿马罕从呼罗珊进攻阿塞拜疆，札兰丁本人不战而逃，于1231年8月死于土耳其东部的山中。
此后绰儿马罕就留在那里，他的军队在1233年抵桃里寺，在1236年入大阿美尼亚。
1241年绰儿马罕病死，其妻代领其众，次年由拜住接替。
公元1235年窝阔台决定大举西征时，由于绰儿马罕已经在中亚站稳脚跟，主要目标便集中在钦察草原和罗斯地区，那里有许多地方是10多年前者别、速不台风驰电掣般地抄掠过的。窝阔台本想亲征钦察草原，其时蒙哥在旁，表示有事可由子弟服其劳，使他放弃了亲征的想法。他根据察合台的意见，命令各支宗室的长子参加西征，各万户、千户、百户那颜以及公主、驸马的长子都要从征。窝阔台说：“这派遣长子出征的意见是察合台兄提出的。察合台兄曾说：增援速不台可令诸皇子的兄长出征。如果以长子出征，则兵多将广。兵多了就表现威力强大。那里的敌人多，敌国广；那里的国家百姓也厉害，据说愤怒的时候能用刀砍死自己，而武器也很锐利。依照察合台兄这样谨慎的话，所以派遣长子出征”。因为有窝阔台这番话，有的历史书就称这次西征为“长子出征”。但是，参加西征的不限于长子，《史集》列出了参加者的名字，他们是：术赤子拨都、斡儿答、别儿哥、昔班，察合台子拜答儿、孙不里，窝阔台子贵由、合丹，拖雷子蒙哥、拔绰，等等。窝阔台明确指示：“这些远征的皇子和大臣们以拔都为首领导”，因而习惯上称这次西征为拔都西征。这年贵由、拔都、蒙哥都是十岁的人，虽然过去20多年从别国掠得的财富已足以供他们尽情享受，察合台、窝阔台仍要他们领兵远征，他们本人也不辞疲劳，足见那时蒙古统治者的尚武精神如何强烈。窝阔台同他父亲样，肯把几个儿子（贵由、阔端、阔出和合丹）同时投入战场，这是南宋皇帝绝对做不到的。就这条，也能起到鼓舞士气的作用。西征军的灵魂是速不台，他早有西征经验，而且在灭金战争中又次显示过他的统军才干，足以辅导诸王。
公元1236年春，速不台与大部分参征诸王动身西行，所率军队大约有10余万人。
他们在秋天到达不里阿儿人境内，与先已抵达的拔都兄弟会合。蒙古军很快攻克不里阿儿城，这是座大木城，1223年速不台与者别曾攻打该城，没有取胜。此次攻克后，大肆掳掠，将城焚毁。入冬以后，蒙古军沿伏尔加河而下，居住在伏尔加河与乌拉尔河之间玉里伯里山的钦察部首领之子班都察率众归附。另钦察部首领赤蛮不肯降，被蒙古军击败后逃至里海岛上藏身。蒙哥听说后迅速前往，涉水登岛，擒杀赤蛮，屠其部众。然后蒙哥又攻打了附近的阿速人。
公元1237年秋，拔都召开了次忽里台，决定诸王共同征伐罗斯。蒙古军首先征服位于伏尔加河丘陵地西北部的莫尔多瓦，进抵梁赞国。他们先向梁赞大公尤里·伊戈列维奇（玉里吉）提出要全体居民缴纳什税，遭到拒绝。尤里·伊戈列维奇面派人向邻近其他大公求援，面派儿子费多尔率领使团带着礼物去见拔都，但是他的努力都失败了。1237年12月16日，蒙古军包围梁赞城。经过天激战，至第天城陷。大公被杀，居民有的被杀死，有的被烧死。“切荡然无存，只剩下烟、焦土与灰烬。”接着，蒙古军队经科洛姆纳和莫斯科绕向弗拉基米尔公国，在科洛姆纳击溃弗拉基米尔大公尤里·宋金对峙弗谢沃洛多维奇的军队。当时莫斯科城尚小，居民没有抵抗，仍被屠掠，守城大公也被俘虏。1238年2月3日，蒙古军抵达弗拉基米尔城下，天后攻陷该城，纵兵大掠，继之以火。尤里·弗谢沃洛多维奇正外出召集军队，整个弗拉基米尔公国很快落到蒙古军手中。3月4日，拔都军队在西齐河上击溃罗斯军队，尤里·弗谢沃洛多维奇战死。次日，蒙古军别部攻占托尔若克。在此期间蒙古军分兵出，攻陷罗斯托夫、雅罗斯拉夫、戈罗杰茨、尤里也夫、德米特里也夫、沃洛克诸城。
3月中旬，蒙古军向诺夫哥罗德方面前进，但不久因气候转暖、湖泊解冻、道路泥泞，被迫后退。拔都在回路上转向东南，顺路攻打科集中斯克城。这是个小城，但其军民英勇抵抗，苦战周后方才陷落。居民被屠杀。由科集尔斯克再向南便进入钦察草原西部。钦察汗忽滩被击溃，带着残部逃往马札儿（匈牙利）境内。拔都军在钦察草原休整段时间，又返回罗斯，朝第聂伯河推进，灭彼列亚斯拉夫尔公国。这年冬季，蒙哥、贵由统兵征讨库班河的阿速人，攻阿速都城蔑怯思，月方克。阿速部首领杭忽思率众降，蒙哥命其子阿塔赤及阿速军千人从征。
公元1240年夏间，蒙哥率兵来到基辅，据说他对这座城市的美丽与宏伟感到惊奇，不想毁掉此城，派使者入城劝降。基辅人杀死使者，基辅大公米哈伊尔逃往匈牙利。虽然形势危急，罗斯王公们仍不断内讧。斯摩棱斯克的位王公被请到基辅执政，却被伽里办公丹尼尔抓走，后者让德米特尔千户镇守基辅。不久，拔都亲率大军围攻基辅。蒙古军用攻城机击破城墙，冲入城内，在教堂附近与居民战斗。德米特尔受伤，城陷后他因表现勇敢被拔都赦免。拔都、速不台、蒙哥、贵由、斡儿答，拜答儿、不里、合丹都参加了攻城战役。此后，贵由、蒙哥便被窝阔台召回蒙古。
公元1241年春，蒙古军继续西进。他们分成两支，支由拜答儿与速不台子兀良合台等率领侵入波兰（孛烈儿），另支由拔都和速不台率领侵入匈牙利。当时波兰处于分裂状态，国王无力组织抵抗。拜答儿军于2月渡过维斯瓦河，蹂躏桑多梅日和波兰首都克拉科夫。继而进入西里西亚，渡的得河，攻西里西亚都城弗洛茨拉夫。西里西亚大公亨利在利格尼茨城集结波兰军、日耳曼兵和条顿骑士团共3万人，准备迎敌。蒙古军在数量和装备上均占优势。4月9日，两军交战于利格尼茨附近的尼斯河平原，波兰条顿军大败，亨利被杀。传说蒙古士兵在战场计算杀敌数目，从每个尸体上割下耳，总计装了大袋。当月蒙军入摩拉维亚，路焚杀，直到今天的德、捷、波国交界处。
拜答儿又领兵围攻摩拉维亚境内的奥洛穆茨城，城中军民坚守，不克。6月24日夜，城中军民突袭蒙古军营，蒙军不备，损伤较大，拜答儿战殁。蒙军杀战俘祭拜答儿，日后撤围南下，入匈牙利，与拔都大军会合。
拔都军在3月进入匈牙利，兵锋直指匈都城佩斯。匈牙利国王贝拉世在位已年，与诸侯、贵族不和。1239年贝拉世接纳被蒙古击败的钦察汗忽滩数万人入境，他们所过骚扰，激起原有居民怨恨。这些矛盾交织在起，削弱了匈牙利的战斗力量。3月12日，当边防将领归报蒙军已入境时，贝拉正在布达城召集诸侯、贵族开会。他立即让与会者各还本地征集军队，自己纠集军队屯驻布达对岸的佩斯城（两城今合称布达佩斯）。蒙军不日至佩斯城下，连续挑战，贝拉坚守不出。这时居民见蒙古军中有不少钦察人，怀疑忽滩与蒙古军同谋，招之来匈牙利，便杀忽滩及其左右人员。各地农民闻讯，纷纷杀钦察人，钦察人也杀匈牙利人为忽滩复仇，国中大乱。贝拉原来指望钦察人组成军队与蒙军作战，至此希望全部落空。4各地援军稍至，贝拉率兵出战，蒙军后退至宋金对峙撤岳河东。贝拉营于河西，附近有桥，以为蒙军只能过桥来袭，派千人守桥。4月10日夜间，速不台在下游结筏偷渡，绕至贝拉军营后方，拔都率诸王先从上流涉浅滩过河，置炮攻桥，黎明，匈军发现被围，士兵丧失斗志，竞相夺路而走。蒙古兵在后追逐，杀敌无数，在速不台率领下乘胜攻拔佩斯城，尽杀居民，纵火而去。
公元1241年夏秋间，蒙古军队仍在多瑙河东面匈牙利平原驻扎，休养兵马，时而外出抄掠。8支蒙古军进至维也纳新城附近，当时城中仅有戍兵50、弩手20.奥地利公和波希米亚王等合兵来御，蒙古兵退走。12拔都率军踏冰过多瑙河，于圣诞节攻取匈牙利另大城格兰。1242年初，派合丹领军追逐匈牙利王贝拉。贝拉先逃到奥地利，维也纳公弗里德里希世起初伪装欢迎，很快就乘人之危多方逼迫贝拉。贝拉携家属出走克罗地亚境内的萨格勒布，最后逃入亚得里亚海边岛上。合丹军边追赶，边沿途抄掠，于3月间中驻海边，守望贝拉所栖小岛。不久，进兵达尔马提高地，取道塞尔维亚，与拔都军会合。此时窝阔台去世的消息已经传到，拔都正准备东返。他们在高加索山北部驻扎数因钦察人又起来反抗蒙古统治，攻拔都之弟升豁儿，需出兵镇压。1243年初，拔都大军回到伏尔加河下游营地。
这次西征的结果，是在钦察草原及其邻近地区的辽阔土地上形成了个大国，它在中亚史料中称为术赤兀鲁思或钦察汗国，在俄罗斯编年史中称为金帐汗国。
忽必烈进攻南宋和统吐蕃大理蒙宋联合灭金后，蒙古却没有实现将河南地归宋的诺言，反而迫使宋朝将陈州、蔡州西北的大片土地归蒙古占有。蒙宋开始对峙。历史又开始重演了：100多年前，当女真进攻辽朝时，约北宋联合灭辽，结果辽被灭后女真大举进攻北宋；现在蒙宋联合灭金后，蒙古又大举进攻南宋。
这时的南宋政权，已经腐朽到极点。宋理宗赵昀在位达40年（1225—1264年）之久。他先后重用权臣史弥远、史嵩之、董宋臣、丁大全、贾似道等人，这伙人在民族存亡的关键时刻，依然过着纸醉金迷、腐化挥霍的生活。“山外青山楼外楼，西湖歌舞几时休？暖风吹得游人醉，直把杭州作汴州”的情景，有增无减。面对强大的敌人，他们不是加强国防、坚决抵抗，而是束手无策、和战不定，把希望寄托在委屈求和、敌人自动退兵上。所以蒙宋40年战争，南宋直被动挨打，直到灭亡。
1251年，蒙哥即大汗位。开始作进攻南宋的新的部署。由于川宋军防守严密，蒙古军队不敢轻易进攻。因而采取了绕道吐蕃，进攻云南的大理，然后南北合兵进攻南宋的战略。1252年蒙哥之弟忽必烈、老将速不台子兀良哈台奉命出征。1253年秋，忽必烈取道吐蕃向大理进发。当时吐蕃正处于分裂的状态下。蒙古强大起来后，还在灭西夏之前，有的吐蕃地方势力就已向蒙古表示臣服。后来，窝阔台派阔端和掌握吐蕃地方实权的萨斯迦派宗教首领萨迦班智达在凉州达成协议，吐蕃正式接受蒙古大汗规定的各项制度。忽必烈入藏后，击败了反抗的吐蕃军队，吐蕃归于统。
1253年10忽必烈和兀良哈台率军进入大理境，在金沙江附近降服了大理以北的么些蛮各部，酋长唆火脱因、塔里马等投降。忽必烈遣使入大理招降，使臣被杀。大理是代后晋天福年（937年）白蛮的首领段思平所建，辖今云南全境及川西南境，当时的国王是段兴智，大权操于高祥、高和兄弟之手，忽必烈的使臣就是被高祥杀死的。
宋金对峙1253年12忽必烈攻占大理城，段兴智逃奔善阐（今云南昆明），高祥逃奔姚州（今云南姚安），蒙古军追至姚州，杀高祥。忽必烈留兀良哈台继续平定大理国境的未征服各部，自己返回蒙古。兀良哈台攻占善阐，获段兴智。自1254年至1256年，兀良哈台先后平定了乌蛮、白蛮、罗罗、金齿、白衣等部，大理国府郡皆附。
1258年初，蒙哥再次发动路大军进攻南宋。他自率主力军进入川；命忽必烈攻打鄂州（今湖北武昌）；又命兀良哈台从云南北上攻潭州（今湖南湘潭），然后在鄂州与忽必烈会师。准备路军会师后同时东进，直抵临安，灭亡南宋。
蒙哥先派纽璘占领成都，自率大军攻下利州（今川广元）及其附近地方，然后沿嘉陵江南下，准备进攻重庆。1258年底，蒙古军到达合州。合州在嘉陵江东岸，地势险要，是重庆的北边门户。合州宋将王坚调集17万人增筑钓鱼城御敌，军民抗蒙情绪高涨。1259年春，蒙宋双方在合州及其周围展开了激烈的攻守战，蒙国始终未能攻破钓鱼城。入夏后，天气炎热、疾病流行，被阻在合州城外的蒙古军病倒很多。蒙古军围合州，先锋汪德臣差点被炮石击中，回营后得病死去。随后，蒙哥等率大军攻城，宋军发炮石，蒙哥被击中负重伤，回营后终因伤势严重，死于军中。大汗死，蒙古军只好撤退。
忽必烈路于1259年8月渡淮河，入大胜关，抵黄陂（今湖北黄陂北），向鄂州推进。蒙哥死讯传来，忽必烈企图攻下鄂州后再北上夺取汗位，因而攻城更加激烈。
由于南宋援兵来到，忽必烈直未能得手。12在汉阳声援鄂州的南宋右丞相兼枢密使贾似道向忽必烈求和。这时，忽必烈已得知其弟阿里不哥准备在和林（今蒙古人民共和国乌兰巴托西南）即大汗位，于是便采纳谋臣郝经计，匆匆与贾似道签订密约：双方以长江为界，南宋每年献银20万两、绢20万匹给蒙古。然后，急速撤兵北上争夺汗位。
兀良哈台支军队到达潭州后，因南宋军民奋战抵抗，未能攻下，兀良哈台便绕道北上与忽必烈会师。
忽必烈夺取汗位1259年7蒙哥在合州钓鱼城战死后，以阿里不哥为代表的守旧派和以忽必烈为代表的“汉法”派，都积极活动起来，准备夺取汗位。
阿里不哥是拖雷的第个儿子，蒙哥即汗位后，命阿里不哥留守都城和林。阿里不哥长期在蒙古本土，与外界接触不多，特别对汉地的政治、经济、文化了解甚少。后来，以他为中心，逐渐形成了个墨守蒙古成规的保守集团，他们主张维持蒙古原来的统治方式，反对采用中原地区原有的封建统治方式。
忽必烈是拖雷第个儿子，他很早就结识了批汉族地主知识分子，相信佛崇儒的刘秉忠，熟读孔孟之道的张文谦、王鹗等，都是忽必烈十分信任的。他们把历代封建统治的经验，灌输给忽必烈。蒙哥即位后，以漠南汉地委托给忽必烈来管理，从此忽必烈与各族地主阶级进步紧密地结合了起来。他方面继续网罗人才，像杨惟中、姚枢、郝经、王文统筹汉族地主知识分子，都纷纷前来投靠。这些人都是忽必烈的谋士，对忽必烈影响很大。刘秉忠对忽必烈说：“今天谁能重用士大夫，又能推行中国原有的治国之道，就能当中国的皇帝！”这对抱有统治全中国愿望的忽必烈无疑是极大的启发，因此，像官吏的任用、对南宋的作战方略、经济政策、屯田措施等事，甚至后来的夺取汗位，建立元朝，几乎都出自这些人的策划。除了汉族地主分子外，忽必烈对其他各族上层人宋金对峙物也是加以争取的，像回回人赛典赤·瞻思丁、畏兀儿人廉希宪、西夏人高智耀等接受汉文化很深的些人也受到忽必烈的重用。另方面，忽必烈为了扩大自己的军事实力，采取了拉拢、利用北方地主武装的方针。忽必烈联合汉族和其他各族地主阶级的目的，就是为了巩固自己的地位，学会统治汉地的方法。因此，在忽必烈夺取汗位之前的10多年间，他已跳出了蒙古“黄金家族”的小圈子，逐渐成为懂得汉法、决心抛弃蒙古旧法的新的封建统治者。忽必烈是蒙汉各族地主阶级利益的总代表。
忽必烈不仅为自己夺取政权奠定了政治基础，而且还奠定了物质基础。在他主持漠南汉地后，十分注意招抚流亡的人民，大搞屯田积粮，并采取整顿财政等措施。早在1252年，忽必烈就已在河南的唐、邓等州实行屯田，后来又在陕西凤翔等地屯田，这样就使他掌握了大量军粮。忽必烈又立钞提举司，印发纸钞。这系列措施的实施，使忽必烈完全控制了蒙古国的财政大权。
1256年忽必烈命刘秉忠在桓州（今内蒙古正蓝旗北）东北、滦河北岸的龙岗，营建营室、房屋，年后建成，称开平府。在这里聚集了忽必烈的批重要谋士，成为忽必烈集团的根据地。
蒙哥死后，阿里不哥和他的支持者立即采取夺位措施。他命令脱里赤为断事官，占据燕京，号令各方面；又命令各地军队听从调度，由阿兰答儿纠集漠北各地军队，脱里赤纠集漠南各地军队，形成对开平的包围势态。阿里不哥企图先发制人，迫使忽必烈就范。
忽必烈这时还在围攻鄂州，蒙哥死讯传来后，他召集诸将、诸谋士研究蒙哥死后的形势和对付阿里不哥的策略。这时郝经提出了如下建议：面遣军去迎接蒙哥的灵车，接收大汗的宝玺，面赶快与南宋贾似道议和，签订密约，迅速撤军，派轻骑兵赶到燕京，防止阿里不哥的势力南下。忽必烈采纳了此计。1260年忽必烈抵达开平，诸王合丹、阿只吉等率西道诸王，塔察儿等率东道诸王，会集开平。他们都是忽必烈的支持者。忽必烈废弃了贵族选中的旧制，宣布即位。并定当年为中统元年，开始建元纪岁。
同年阿里不哥也在和林召开忽里勒台，宣布为大汗。支持他的除阿兰答儿、脱里赤等外，还有窝阔台后王阿速带、玉龙答失、昔里吉，察哈台后王阿鲁忽，旭烈秃子出木哈赤等。
阿里不哥和忽必烈双方为争夺地盘开始了第个回合的争斗。阿里不哥命霍鲁海、刘太平等去陕、甘地区任职，忽必烈则命廉希宪为京兆等路宣抚使。双方发生冲突，廉希宪擒霍鲁海，杀刘太平等，忽必烈控制了陕甘地区。阿里不哥又派遣阿兰答儿南下联合浑都海作乱。但两人均被忽必烈的军队所杀。
1260年冬，忽必烈决定亲征和林。阿里不哥闻讯后不敢抵抗，逃至谦谦州（今叶尼塞河上游南），忽必烈占领和林，命亦孙子驻守，自回开平。1261年秋，阿里不哥至和林，伪装愿意归顺，却采取突然袭击的办法，占领和林，并南下骚扰，被忽必烈击败。由于阿里不哥多次战败，支持他的诸王纷纷向忽必烈投降，加上连年饥荒，阿里不哥不得不于1264年向忽必烈投降。经过年的战争，阿里不哥的分裂势力终于被消灭，漠北和中原地区重新恢复统。忽必烈战败阿里不哥后，取消和林为蒙古国的都城，改设宣慰司都元帅府。
忽必烈夺取汗位的胜利，从本质上来说是蒙古统治集团内部“汉法”派战胜了守旧宋金对峙派，这对于蒙古国最后完成封建化来说是有决定意义的。
南宋灭亡咸淳年（1267年）十降蒙宋将刘整向忽必烈提出灭宋方略，当“先攻襄阳”，并指出：“自古帝王，非海家，不为正统。”如果置南宋而不问，是“自弃正统”，更坚定了忽必烈消灭南宋的决心。次年命刘整前往襄阳地区，协同蒙军主将阿术围攻襄、樊，襄、樊军民从此开始了历时年，关系到南宋政局命运的襄、樊保卫战。
咸淳年（1273年）正樊城被元军攻破，都统范天顺自杀，统制牛富率领将士进行巷战，渴饮血水，继续战斗，杀死不少元兵，牛富身负重伤后赴火自尽。襄阳宋将吕文焕向元军投降，从此元军得以长驱顺江东下。
襄、樊失守，南宋朝野震动。以贾似道为首的南宋反动统治者，拒绝了切抗原救亡的建议，置南宋王朝的安危于不顾，文过饰非，依然歌舞升平，过着荒淫无耻的糜烂生活。
咸淳十年（1274年）宋度宗死，贾似道立了个4岁的小孩赵瞶为皇帝。以左丞相伯颜为首的元军主力自襄阳南侵，抗原名将张世杰所在的郢州首当其冲。
在郢州军民的奋勇抗击下，伯颜所统的元军主力被阻击在郢州城下，决定越过郢州，继续南下。元军到达长江边的阳罗堡，南宋军民在王达的率领下奋勇抵抗，元军进攻多日仍未能攻占，于是分兵从上游40里的青山矶强渡，接着阳罗堡也被元军攻占，宋将王达、刘成以及8000将士英勇战死。元军渡江后，鄂州就向元军投降，伯颜遂率元军主力东下，直奔临安，沿途宋军纷纷投降。
德祐年（1276年）正元军游骑已到临安北关，文天祥、张世杰请太皇太后、皇帝等逃到东海上，由他们率领临安军民背城战，又为陈宜中等所反对。正月十日太皇太后谢道清与宰相陈宜中派使臣送出传国玺和投降书，向元军投降，陈宜中随即逃走。次日，太皇太后任命文天祥为右丞相兼枢密使，实际上是要他接洽投降事宜。文天祥与其他执政官前往元军营谈判时，却还梦想保存宋王朝，被伯颜扣押。伯颜入临安，皇太后和小皇帝赵瞶被送往大都（今北京），太皇太后谢道清因病暂留杭州，以后也被解往大都。临安朝廷虽然投降，但是，南宋军民在文天祥、张世杰和陆秀夫的领导下，继续进行抗战。
德祐年（1276年）伯颜率元军进入临安的前夕，益王赵、广王赵瞺从临安逃往婺州（金华），伯颜进入临安后，派元军追赶，他们又逃到温州，赵被奉为天下兵马都元帅，赵瞺为副元帅，随后南下福州。赵即位（宋端宗）并改元景炎，陈宜中被任为左丞相兼都督，尚在江北扬州抗原的李庭芝为右丞相，著名的抗原将领张世杰为枢密副使，陆秀夫为签书枢密院事，重新建立南宋政权。
文天祥被扣留在元营中，拒绝投降后被押解北上，到镇江时，文天祥历尽艰险逃到江北的通州（江苏南通），又从那里出海南下，月底到台州，月下旬到福州后，被任右丞相兼知枢密院事。他提出回温州，组织水军，由海道收复两浙，为陈宜中所阻。由于和陈宜中议论不合，月以同都督的身份外出组织军民抗元，但是由于文天祥所组织的人民武装，缺乏经验与训练，被元将李恒所部击溃，文天祥的妻子被俘，由于部将赵时赏冒充文天祥，迷惑了元军，文天祥才得脱身，赵时赏后被元军杀害。
文天祥收拾残兵奔循州，驻南岭（广东永安东南）时，又将企图投降的黎贵达斩首，宋金对峙表明抗战到底的决心。
这时，11岁的宋端宗已于景炎年（1278年）月中旬病死，8岁的赵瞺即位为新皇帝并改元祥兴，左丞相陈宜中看到形势越来越恶化，再次逃跑了。朝政由张世杰和陆秀夫主持。张世杰派兵进攻雷州失利后，就从石冈州移到崖山。
文天祥和南宋朝廷联系上以后，继续组织军民抗元，十月进屯潮阳，讨伐叛徒陈懿、赵兴。陈懿逃走，赵兴被捉并被处死。十月往南岭，旧部邹氵风、刘子俊又起兵从江西来会，兵势稍振，但是，由于叛徒陈懿的引导，在坡岭上，文天祥和部属被元军俘虏。
至此，只剩下张世杰、陆秀夫领导的支有组织的抗元力量，他们决心守崖山，与元军决死战，全体人员都上了海船，1000多条海船结成了水上的堡垒，自正月中旬起战斗了20多天，由于淡水道被元军切断，宋军吃了10多天的干粮，渴得不得了就只好喝海水，呕吐不止，宋军大困。张世杰仍率领苏刘义、方兴等宋军将士与元军大战，拒绝了次又次的招降，决心抗战到底。祥兴年（1279年）月初日（3月19日），元、宋两军进行最后的决战，宋军战败，宰相陆秀夫眼看要被元军俘虏，就背起9岁的小皇帝赵瞺跳海自尽，张世杰、苏刘义等冲出重围后，又回军进攻元军，战败后退走，但船为大风所坏，溺水而死。南宋政权彻底灭亡。
元朝海都之乱中统建元和平定阿里不哥后，守旧的蒙古贵族对忽必烈推行“汉法”依然强烈反对。
西北藩王遣使到朝廷来，气势汹汹地责问忽必烈：“蒙古风俗制度与汉法素不相同，现在你竟留居汉地，建都邑城郭，仪文制度全都遵用汉法，到底是什么原因？”因此，守旧与推行汉法的矛盾，在蒙古统治集团内部越来越尖锐。
阿里不哥投降后，守旧的藩王以争夺汗位的名义，继续发动叛乱。其中以窝阔台的孙子海都的势力最大，叛乱的时间也最长。
海都以其父合失未能承袭汗位，即自己要求袭汗位为由，直心怀不满，但苦于兵力不足，只好等待时机。当阿里不哥在和林称大汗并发动叛乱时，他竭力支持阿里不哥。阿里不哥兵败投降后，海都即返还其在叶密立（今新疆额敏东南）的封地，勾结术赤后裔诸王，占有窝阔台汗国封地，组织叛军，时时企图南下。忽必烈为了阻止海都势力的扩张，册封剌为察哈台汗国之汗，以争取察哈台汗国服从中央夹击海都。察哈台汗国军队在钖尔河击败海都，海都又求助术赤后王忙哥帖木儿，击败剌。后来，海都请窝阔台孙乞卜察克调解，双方结盟，海都势力反而伸展到察哈台汗国境内。剌死后，海都于1272年（至元年）立剌子笃哇为汗。海都与笃哇勾结在起，在西北地区不断进行骚扰。
1275年（至元十年），忽必烈命皇子北平王那木罕率诸王镇守西北，蒙哥子昔里吉、诸王脱脱木等随行。那木罕驻守阿力麻里（今新疆霍城西北）。脱脱木是成吉思汗弟帖木格斡赤斤的后裔，与忽必烈直不和，蓄谋叛乱已久。1277年（至元十年），脱脱木勾结阿里不哥子药木忽儿、察哈台子撒儿班等，劫持北平王那木罕，立昔里吉为帝，率叛军进攻和林。忽必烈急命正在进攻南宋的主帅伯颜率土土哈等北征。伯颜用断绝粮道的办法阻困聚集在鄂尔浑河的诸叛王。土土哈在土拉河和鄂尔浑河两次大捷。
1278年（至元十年），昔里吉败走也儿的石河，叛军内讧，脱脱木又立撒儿班为帝，药不忽儿不服，执送脱脱木至昔里吉处，脱脱木被杀。撒儿班又执昔里吉押送至忽必烈处，忽必烈将昔里吉流放至海南岛，后来死于该地。
在昔里吉等发动叛乱时，海都又乘机占领阿力麻里，骚扰天山南北。忽必烈特置别失里和州等处宣慰司，派兵戍守。
为了防止西北藩王的叛乱势力与东北藩王的叛乱势力相联结，1286年（至元十年）忽必烈改山北辽东道宣慰司为东京行省，加强对东北地区的控制。早与海都有勾结的帖木格斡赤斤的后裔乃颜，立即纠集合撒儿后王势都儿、合赤温后裔哈丹等发动叛乱。海都闻讯后，答允率10万军队前来汇合。忽必烈面让伯颜驻军和林，阻止海都东来，面率军镇压乃颜。1287年（至元十年）乃颜被俘，忽必烈将其处死。1288年（至元十年），忽必烈命皇孙铁木耳率军镇压哈丹，哈丹逃至高丽。1292年（至元十年），在高丽军民的配合进攻下，哈丹兵败自杀。
忽必烈在平定东北诸王叛乱后，置辽阳行省统辖各路，并在叛王封地内设万户府。
这些措施大大削弱了藩王的权力，巩固了东北地区的统。
正当忽必烈镇压东北叛乱诸王时，海都、笃哇等气焰更加嚣张了。1289年（至元十年），十岁高龄的忽必烈决定再次亲征。海都得知忽必烈亲征，急忙逃遁。忽必烈仍命伯颜负责西北军事。到忽必烈去世前，海都的势力已被逐出金山之外，平定西北叛王的战争基本上取得了胜利。
忽必烈在位十多年中，与分裂割据势力和叛乱势力进行了十分激烈的斗争，通过在军事上对叛乱势力的坚决镇压，对巩固元代多民族国家的统起了很大的作用。
民族分化元朝统治集团是以蒙古贵族为核心，还有色目等各族的上层统治者；而被统治的人民，则是以汉族为主体，包括蒙古族下层农牧民在内的各族人民，他们遭受着残酷的阶级剥削和民族压迫。蒙古贵族统治者在借鉴金朝所推行的民族分化政策的基础上，依据不同的民族和被征服的先后，将全国各族人民分为蒙古、色目、汉人和南人个等级，而且在选任官吏、法律诉讼、科举条例、名额和待遇等方面，均有系列不平等的规定。
从民族成分上看，各等人中包括若干族、部、种。蒙古族为第等，系元朝的“国姓”。据拉的特《史集·部族志》载，蒙古人由两部分组成，其为与成吉思汗皇室出于共同祖先的尼鲁温蒙古人，有泰赤乌、兀鲁、忙兀、札只剌等20余部；其是被称为迭列列斤的蒙古人（指般蒙古人），有兀良哈、弘吉剌、伯牙兀等10余部。此外，札剌亦儿、塔塔儿、蔑儿乞、斡亦剌、剌忽、克烈等部，在元代也被看作蒙古人。但在陶宗仪《辍耕录·氏族》中记有蒙古氏族72种（当然，其中有18种是相互重出，钱大昕在《元史氏族表》中已指出）。
色目人为第等，主要指西域人，包括钦察、唐兀、畏兀儿、回回等。据《辍耕录·氏族》称有31种，诸如钦察、唐兀、阿速、秃、康里、畏兀儿、回回、乃蛮、乞失迷儿等（其中也有同名重见，异议并存之误）。据《元典章·刑部》载，大德年（1304）规定，除汉儿、高丽、蛮子外，俱系色目人。这些色目人多属于西北地区各族，还有些是属于中亚等地。
成吉思汗征扩张领土之后，将所占领的广大地区分封其诸子。长子术赤的封地为钦察汗国（也译金帐汗国），据有花刺子模和康里国故地，领有今额尔齐斯河以西，咸海、里海以北的地区。其子拔都西征，又扩大了领地，曾在伏尔加河下游建都萨莱城。次子察合台初领有西辽河之间的地区，称察合台汗国。初建都阿力麻里（今新疆霍城县水定镇西北）。子窝阔台封于乃蛮故地，则以叶密立和霍博两地为中心，包括新疆准噶尔盆地及其以西、以北地区，称窝阔台汗国，建都叶密立（今新疆额敏县）。而幼子拖雷按照蒙古幼子守产的习俗，主要领有蒙古本土。
汉人（也称汉儿、乞塔、札忽歹）为第等，般指淮河以北原金朝境内的汉族、契丹、女真等族，以及较早被蒙古征服的云南、川两省人，东北的高丽人也属此等。据陶宗仪《辍耕录》载，汉人有8种，即契以利用汉人压制南人，以便分而治之。
南人（也称蛮人、囊加歹、新附人）为第等，指最后被元朝征服的原南宋境内（江浙、江西、湖广行省和河南行省南部）各族，大部分为汉族和南方少数民族，元统治者根据被征服的先后将汉人分为两等，以利用汉人压制南人，以便分而治之。
上述等人在政治待遇和社会地位上是不平等的。蒙古贵族居最高统治地位，享有很多特权；色目人中上层分子则是被蒙古统治者利用为帮手，对各族人民进行压迫，故他们的政治地位仅次于蒙古贵族，而高于汉人和南人；汉人中少数官僚地主在元朝被笼络利用，而其余广大人民与南人同样处于被奴役的地位；南人在等人中处于最末等，其地位还不如汉人，就连充任官吏的南人在与汉人出身的官吏发生争执时，也要忍气吞声。可见，元朝推行等人制，蒙古、色目贵族利用民族压迫政策欺凌汉人、南人，广大汉人、南人劳动者更处在最受压迫和剥削的情况之下。不过，也应指出，蒙古统治者实行这种民族分化和民族压迫政策，只是为了维护蒙古贵族的特权地位，并没有给广大蒙古劳动人民带来好处。
阿合马、桑哥事件忽必烈统治的30多年，是从连年不断的战争向全国安定过渡的时代。诸王叛乱、南下灭宋、镇压反元武装起义，迫切需要军饷；百废待兴、恢复封建经济，迫切需要金钱。
因此，谁善于理财，谁就受到忽必烈的重用。忽必烈时期主要帮助他管理财政的是花剌子模人阿合马、汉人卢世荣和畏兀儿人桑哥。他们人在旧史书里是大大有名的奸臣，其实他们做的事未必每件都是坏事，在理财上他们都有套本领，如果没有足够的金钱，忽必烈是办不成这许多大事的。正因为忽必烈宠信他们，他们自以为理财有了功，就居功自傲、专权不法，干了不少坏事，引起了统治集团中其他人的不满，最后遭到杀头的下场。
1262年（中统年），阿合马任诸路都转运使，专理财政，他在钧州（今河南省禹县）、徐州（今江苏徐州）兴办了炼铁业，每年产铁103.7万斤，铸成农器20万件，换成官粮4万石；又因太原私盐盛行，盐课收入大减，他大大增加了当地赋税，不论僧道军民户，律不得免税，于是收入大增。这两件事办成后，忽必烈非常高兴，升阿合马为中书平章政事。从此，阿合马深受忽必烈宠爱，日益骄横，连中书右丞相安童也不放在他眼里，左丞相史天泽等也常被他弄得很窘。他还让他的儿子忽辛当大都路总管，又通过中书省，安插自己的亲信任要职。还依仗自己的理财特权，派人经商，从中获得巨额财富。
1278年（至元十年）中书左丞崔斌上书，揭露阿合马任用亲信，家身居要职等罪，忽必烈罢免了阿合马子侄们的职务，但仍对阿合马十分信任，并认为他有当宰相的才能。
1280年（至元十年），阿合马以清理江淮钱谷的名义，打击诬陷异己。当时崔斌已调任江淮行省左丞，阿合马乘机诬陷他与江淮平章阿里伯、右丞燕帖木儿等盗官粮40万、擅自更换朝廷任命的官员800人，将其加以杀害。皇太子真金知道这件事后，立即派人去制止，竟来不及了。
阿合马搜刮钱财，结党营私，排斥异己，大失人心。1282年（至元十年）3益都千户王著秘密铸造了个大铜锤，准备击杀阿合马。这时正好忽必烈和皇太子到上都去了，阿合马留守大都。王著知道皇太子很痛恨阿合马，就伪装皇太子返京作佛事并假传太子命令，命阿合马等中书省臣来见，当阿合马来迎接假太子时，王著对他加以痛斥，并用铜锤把他打死了。王著被捕处死，临刑时高呼：“王著为天下除害，现在虽然死了，日后必有人将我载上史册！”后来忽必烈知道了阿合马的罪恶，下令剖棺戮尸，他的死党和忽辛等4个儿子都被杀。
阿合马死后，朝廷里没有人再敢言及理财的事了。总制院使桑哥推荐卢世荣到朝廷来理财，忽必烈任命卢世荣为中书右丞。卢世荣上任后提出改革钞法、制定市舶条例、将没收来的各地权豪私造的铁器卖掉以充实常平仓、官营酿酒、于上都等地收购羊马选蒙古人放牧、选拔阿合马原来任用过的些理财能手等系列主张，忽必烈采纳。卢世荣得宠后，引起了批官僚的反对，纷纷上奏弹劾，他干了不到年，就被杀了。其实卢世荣被杀是有点冤枉的，他的理财措施有不少还是可取的，只是因为触犯了不少富豪、官僚、贵族的利益，在当时统治集团内部矛盾很深的情况下做了牺牲品。
1286年（至元十年）卢世荣死后不久，忽必烈起用桑哥理财，第年任命为平章政事。他更改钞法，发行至元钞，解决了朝廷的财政危机，于是声名大著，升任尚书右丞相兼总制院使。接着，又清理江南省钱谷，增加江南赋税和盐酒醋税，大大加重了剥削，引起了天下骚动。他的权势非常大，些阿谀逢迎之徒，特地为他立了德政碑。
桑哥更加跋扈，于是顺我者昌、逆我者亡，任意调动内外官员，官爵刑赏全凭钱买和贿赂，引起了批朝臣的反对，纷纷上奏弹劾。当时百姓失业，起义烽火连年不断，忽必烈深感事态严重，为缓和社会矛盾，于1291年（至元十年）把桑哥杀了。在抄家时发现桑哥收藏的珍宝至少有宫廷里的半那么多。
忽必烈统治时期发生的阿合马、卢世荣、桑哥事件，牵涉面很广，持续的时间也很长，它反映了元朝初期统治集团内部争权夺利的斗争是很尖锐的，也是很残酷的。
南坡之变元世祖忽必烈去世后，他的儿子铁穆耳继位，就是成宗。成宗在位12年，《元史》说他“承天下混之后，垂拱而治，可谓善于守成者矣”。成宗死后，他的两个侄子海山和爱育黎拔力达相继嗣位，就是武宗和仁宗。后来仁宗的儿子硕德剌即位，就是英宗。到英宗统治时期，元朝皇室内部的矛盾再次尖锐化，爆发了著名的南坡之变。
自从忽必烈建立元朝，推行“汉法”以来，蒙古贵族内部的保守势力总是千方百计要加以阻挠和破坏。但是，推行“汉法”以适应中原地区固有的政治、经济、文化的发展水平，这是不可抗拒的客观需要。因此，主张行汉法的势力与保守势力之间的矛盾总是时暗时明地进行着斗争。英宗即位后这种矛盾又逐渐突出起来。
当武宗取得帝位后，武宗和仁宗兄弟之间曾达成协议，兄终弟及、叔侄相承。武宗死了，仁宗即位；仁宗死了，武宗的儿子即位。但仁宗即位后，右丞相铁木迭儿为了取得皇帝的欢心，勾结太后答己，废武宗子和世王束，改立仁宗子硕德剌为太子。他们满以为硕德剌年幼无知，易于控制。然而，硕德剌却是个自幼就接受儒学很深、熟读汉儒著作的蒙古贵族，与答己、铁木迭儿的政治主张很不致。仁宗死后，英宗硕德剌即位，答己十分懊悔。为了巩固她的地位，便采取了系列措施：再次任命因侵吞田地牧场贪赃枉法而被仁宗罢官的铁木迭儿为右丞相；诛杀和罢免反对过铁木迭儿的批官吏，幕后指挥失烈门等搞废立阴谋……英宗为了巩固自己的地位，也采取了系列措施：任命功臣木华黎的后代、有“蒙古儒者”之称的拜住为左丞相；千方百计限制铁木迭儿的权力……元朝统治集团内部两派的斗争日益尖锐。
双方矛盾正在进步发展时，铁木迭儿和答己太后都在1322年（至治年）相继死去，御史大夫铁失成了这派在朝中的代表，但力量已大不如前了。这时水旱灾荒连年发生，各族人民不断起义，社会矛盾十分尖锐。英宗深深感到再不调整原有的统治政策，将会发生统治危机。他在拜住的协助下实施了系列新政：
任用大批汉族官僚和知识分子，如张王圭、虞集、吴元王圭、王约等都得到了重用。他还颁布《振举台纲制》，提倡“举善荐贤”，到处搜罗人才。
罢冗官，使大批依靠特权获得肥缺的蒙古色目官僚失去官职；推行“助役法”，规定拥田百亩者以亩入官，作为补偿般农民徭役的助役费，使豪家大姓稍有损失；减轻徭役，减免赋税；颁布《大元通制》，把这些措施用法律形式固定下来。
英宗是比较有作为的元朝皇帝，这些措施对于扩大元朝统治基础、适应封建生产力的发展多少是有些好处的。但由于这些措施触犯了部分蒙古贵族的利益，因而也遭到他们的拼死反对。
1323年（至治年），英宗下令追查铁木迭儿的贪污案，处死了批有牵连的官吏，同时追夺铁木迭儿官爵，抄没其家资。这使铁木迭儿的余党铁失十分恐慌，于是串连了批诸王贵族，于1323年8月5日夜晚，当英宗自上都南返大都，途经上都以南30里的南坡店时，刺杀了英宗和拜住。这就是“南坡之变”。
英宗被刺后，铁失等拥立在漠北高原的晋王也孙铁木儿（忽必烈孙子甘麻剌之子）为帝，即泰定帝。
泰定帝即位后，先是加封拥立他的人官爵，但是只过了30多天，他为了维护皇权的尊严，对“大逆不道”的铁失、也先帖木儿等概加以诛杀。
白莲教的活动白莲教最初称白莲社，是公元5世纪初出现的，它来源于佛教的净土宗，供养的是阿弥陀佛，他代表光明，就是“明王”。这种宗教劝人念佛修行，多做好事，死后便可到西方净土白莲池上过快活日子。到12世纪前期，又加进了天台宗的格言，忌葱乳、不杀、不饮酒，发展成为白莲教。金末、南宋时，全国都有白莲教。佛教净土宗的另派叫弥勒教。弥勒教信奉弥勒佛。据佛教传说，弥勒曾是个对百姓慈爱的好国王，后来在释迦牟尼旁边听法，释迦牟尼灭度（死）后56.7亿年，弥勒下降人世而成佛。据说，释迦牟尼死后，世界变坏了，气候变坏了，庄稼变坏了，人心也变坏了。幸亏释迦牟尼在灭度前留下遗言：再过若干年，弥勒佛出世了，等弥勒佛下生，世界立刻变样子，到处有宽阔、干净的土地，青山绿水，满地铺着金沙，还有各种无名的宝贝，人心也变好了，寿命也长了，人口增加了，城市富庶了，稻麦播次种子有次收成……弥勒教相信世界上有明和暗、好和坏两种力量，斗争到最后，明和好将取得胜利。
除了白莲教、弥勒教外，民间的秘密宗教还有摩尼教等。北宋方腊起义，南宋钟相、杨幺起义都曾利用过摩尼教。但到元朝时，摩尼教的势力渐渐减弱了。
白莲教和弥勒教的教义给贫苦的农民带来了无限美好的希望，他们经信教，就坚信不疑、虔诚地等待明王出世、弥勒下生。因此，不少农民领袖就利用这种宗教来鼓动农民起来反抗当时的政权。元朝时流传着这样首《扶箕诗》：
天谴魔军杀不平，不平人杀不平人，不平人杀不平者，杀尽不平方太平。
《扶箕诗》是宗教活动时歌唱的，这首诗尽管含意不十分清楚，但它充满着对“不平”的憎恨，渴望实现“太平”，并且鼓动人们去“杀尽不平”，因此对那些在痛苦中生活的教徒无疑有很大的鼓舞作用。
元朝时白莲教的势力在民间占了上风。元朝初年，江西都昌白莲教徒杜万曾利用不符、推背图、血盆等迷信工具发动过武装起义。后来这种类似的起义也多次发生。所以在1308年（元武宗至大元年）时白莲教就被元朝政府取缔了，祠庙也被捣毁。
到元仁宗时，白莲教又公开活动，但不少白莲教主成为元朝统治的拥护者，只有民间秘密活动的白莲教还继续从事反元活动。
元朝末年时，逐渐形成了南北两大系统的秘密宗教组织，他们的领导人就是著名的农民领袖韩山童和彭莹玉。
韩山童是赵州栾城（今河北栾城）人。他祖父是个教书先生，人称韩学究，在栾州带宣传白莲教，烧香聚众，大约在元武宗取缔白莲教时，勒令他迁到广平永年县（今河北邯郸东北旧永年）。到韩山童继为白莲教主时，他的教徒更多了，在河南、江淮带拥有广泛的群众基础，他周围还有批像刘福通、罗文素、盛文郁、王显忠、韩咬儿等忠实信徒。当元末社会矛盾激化时，韩山童等加紧了宣传组织工作，用“明王出世”、“弥勒下生”等宗教迷信来吸引群众，鼓动武装起义，把斗争矛盾引向元朝统治者。
彭莹玉（又叫彭翼、彭和尚、彭祖，敌人叫他“妖彭”）是南方白莲教领袖。他出生在江西袁州（今江西宜春）南泉山东村庄的个农民家庭里。1338年（至元年）彭莹玉与徒弟周子旺在袁州发动起义，周子旺被捕牺牲，他的妻、子也被杀。彭莹玉只身逃到淮西。元朝政府拚命搜捕，但江淮带的老百姓早就听说彭莹玉的大名，都千方百计地保护他，因此官府总是不能抓获他。彭莹玉吸取了失败的教训，埋头做宣传和组织工作，到元末大起义爆发前，他的徒弟已经布满在江淮带，其中邹普胜在江汉流域宣传“明王出世、弥勒下生”，形成了个中心；赵普胜、李普胜等在江淮带也形成了个中心。总之，由于彭莹玉的辛勤活动，大江南北已经布下了起义的种子，为日后南方红巾军的爆发作好了准备。
挑动黄河天下反堂堂大元，奸佞当权，开河变钞祸根源，惹红巾万千。官法滥，刑法重，黎民怨。人吃人，钞买钞，何曾见？贼做官，官做贼，混贤愚，哀哉可怜！
这是元朝末年民间流传的阕《醉太平小令》。它深刻地暴露了元末政治的腐败、社会的黑暗、阶级矛盾和民族矛盾的尖锐化。
阶级和民族的双重压迫使老百姓处于水深火热之中，迫使民众纷纷组织起义。当时北方的韩山童、刘福通和南方的彭莹玉都是以摩尼教（又称明教）、弥勒教和白莲教等宗教组织形式进行起义的宣传活动。他们宣传明王即将出世，弥勒佛快要降生，黑暗很快就会过去，世界就要大变样的舆论。恰好至正年（1343年）黄河在白茅口决口，连年黄水漂流，人民成了鱼鳖。至正十年（1351年），元朝政府强征民夫15万开黄河故道。监修黄河的官吏鞭挞民工，克扣工粮，河工怨声载道。在这种形势下，韩山童派人出散播童谣：“石人只眼，挑动黄河天下反”，又派了许多教徒去当挑河夫，在民工中进行宣传。天，修河的民夫在黄陵冈挖出韩山童暗地派人埋下的个石人，只有只眼睛，背上分明刻着“莫道石人只眼，此物出天下反”。民夫见石人，个个瞠目结舌，打心里相信天下就要大乱的宣传，整个黄河工地顿时沸腾起来。
至正十年韩山童和刘福通在颍州（今安徽阜阳县）颍上县白鹿庄聚集了3000人，斩白马乌牛，祭告天地，共推韩山童为明王，选定日期，准备起义。并派人处联络，约好同时行动，以头裹红巾为记号。不料消息走漏，官兵包围白鹿庄，韩山童被捕牺牲，其妻杨氏带着儿子韩林儿趁着混乱逃出，躲入深山，隐姓埋名，等候消息。刘福通苦战突出重围，整顿队伍，提前起义，攻克颍州城。黄河工地上的民夫闻讯，声呐喊，杀了监工河官，加入刘福通的起义军。起义军头包红巾，身穿红衣，打着红旗，老百姓称之为“红巾军”或“红军”。贫苦老百姓早就盼望着这天，纷纷从各地投奔红军，起义队伍很快就发展到几十万人，迅速攻占了河南、安徽的十几个州县。同年彭莹玉、徐寿辉在湖北起义，占领蕲水（今湖北浠水县），建立政权，尊徐寿辉为帝，国号天完（意为压倒大元），年号治平。设置莲台省（代替中书省），下设部等机构，铸有“天启通宝”、“天定通宝”。并提出了“摧富盖贫”的口号，受到了贫苦人民的欢迎，势力很快发展到湖北、湖南、江西、安徽、浙江、福建的许多州县。刘福通和彭莹玉、徐寿辉分别成为北方和南方的红巾军主力。彭莹玉率领的红巾军经江西、安徽、浙江、苏南，转战千里，1353年冬在瑞州（江西高安）兵败牺牲。彭莹玉牺牲后，徐寿辉领导红巾军被迫转移到沔阳湖中和黄梅山中，等待时机。1355年，南方红巾军在倪文俊领导下东山再起，在湖北汉川击败元军，占领武昌。1356年正徐寿辉迁都汉阳，以倪文俊为丞相，并占领了湖南、湖北、浙江、安徽等广大地区。1357年，徐寿辉派明玉珍率军攻入蜀地，占领川属全境，控制了云南部分地区。这时南方红巾军内部互相争权，1357年倪文俊谋杀徐寿辉未遂，被部将陈友谅杀死。1360年夏，陈友谅又杀徐寿辉，在江州（江西江）自立为帝，改国号汉，改元大义。除红巾军系统外，浙江黄岩土豪方国珍于至正年（1348年）起兵，占有浙东；至正十年（1353年），盐贩张士诚在泰州起事，割据长江下游的苏、杭等地。至正十年（1360年），南方系统的红巾军领袖徐寿辉被部将陈友谅所害，徐旧部明玉珍不服，断绝与陈友谅的联系，于至正十年（1362年）在重庆称帝，国号为夏，据有两川，设置中央和地方行政机构，并置翰林书院、国子监、设科举，策试进士。1366年明玉珍死后，子明升继位，后为朱元璋所灭。这是元末群雄割据的大略形势。
至正十年（1352年）定远人郭子兴响应红巾军的起义，在濠州（今安徽凤阳县）起兵。起义军袭杀州官，占领濠州城。
元朝统治者不折不扣地陷入了人民起义战争的汪洋大海之中。
“小明王”亳州称帝从1355年初开始，刘福通率领北方红巾军的主力开始大规模出击，元朝统治者对刘福通率领的主力军仍然采取“围剿”和堵截战术。1355年1元顺帝命河南行省参知政事洪丑驴守河南，陕西行省参知政事述律朵儿只守潼关，宗王扎牙失里守兴元（今陕西汉中），陕西行省参知政事阿鲁温沙守商州（今陕西商县），通政院使朵来守山东，企图形成对刘福通起义军的包围圈，在这包围圈里，让答失都鲁、察罕帖木儿、李思齐等元军对农民军进行“围剿”。但这个战术很快就遭到了失败。起义军在击败了元军后更加壮大了。
为了进步联络、调遣北方各支红巾军，建立牢固的根据地，1355年2刘福通将韩山童的儿子韩林儿从砀山夹河接到亳州（今安徽亳县），正式建立北方红巾军的政权——宋，改元龙凤，韩林儿为帝，又号“小明王”。“小明王”是“明王出世”的标志，表示光明已经来临，黑暗势力即将被驱逐。
宋政权的建置于天完政权类似。中央政权设有中书省、枢密院和部。当时以杜遵道、盛文郁为丞相，罗文素、刘福通为平章，刘福通弟刘为知枢密院事。由于杜遵道擅权，与刘福通不和，不久被刘福通杀死，刘福通为丞相，后来封为太保，所以刘福通又叫“刘太保”。随着各支起义军的发展，占领的地方越来越多，宋政权还设立了行中书省和府、县等地方行政机构。管军机构也逐步完善起来，有统军元帅府、管军总管府、管军万户府等，均属枢密院管辖，并有百户、千户、万户、总管、统军元帅等相应的军职。
宋政权建立后，元朝反动军队进步加紧了对红巾军的镇压。1355年6答失都鲁被提升为河南省平章，进攻许州（今河南许昌）、长葛，为刘福通所击败。答失都鲁退到中牟（今河南中牟），红巾军袭击他的军营，夺去辎重，俘获答失都鲁的儿子孛罗帖木儿。但这支红巾军又遭到元军刘哈喇不花部伏击，辎重及孛罗帖木儿得而复失。刘福通遣赵明达攻取嵩（今河南嵩县）、汝（今河南临汝）、洛阳，北渡孟津至怀庆路（今河南沁阳），黄河以北大为震动。但察罕帖木儿自河南南部赶来，赵明达战败。同时，答失都鲁又调兵向宋政权的都城——亳州进犯，刘福通在太康（今河南太康）失利，元兵进围亳州，韩林儿逃到安丰（今安徽寿县）。次年3刘福通与元军激战于亳州，答失都鲁大败退走，亳州得安。
宋政权路北伐1356年9刘福通为了分散元军对宋政权都城亳州的压力，扩大战果，开始分兵出击，遣李武、崔德经潼关入陕，毛贵入山东。1357年夏，由于毛贵在山东的战果辉煌，刘福通作出了重大的战略决策，即路北伐。以毛贵为主力，由东路进攻大都；以关先生、破头潘支为中路，绕道山西，转攻河北，形成对大都的包围；李武、崔德的西路军由于在陕西受阻，增派白不信、大刀敖、李喜喜等前往支援。可惜这战略没有取得成功。
李武、崔德率领的西路军最先出兵。1356年9西路红巾军连克陕州、虢州（今河南卢氏），占领潼关。答失都鲁急调查罕帖木儿、李思齐等追击，李武、崔曲折往山西南部，攻取平陆（今山西平陆）、安邑（今山西安邑），察罕帖木儿又急追而来，红巾军战败，队伍溃散。
1357年初，李武、崔德又重新组合支红巾军，突然由襄樊出兵占领商州（今陕西商县），攻武关。2又夺取盘，进据蓝田（今陕西蓝田），前锋直抵灞上，进逼陕西行省首府奉元路（今陕西西安）。同时，又分兵攻克同（今陕西大荔）、华（今陕西华县）诸州。元廷对于红巾军这突如其来的神速行动大为震恐，陕西省台也连连告急。元廷不得不又令察罕帖木儿、李思齐、刘哈喇不花等由陕州、潼关进攻陕西红巾军。由于察罕帖木儿等已经赶来，红巾军只好放弃进攻奉元的计划。
1357年6刘福通决定增派白不信、大刀敖、李喜喜等入陕，他们入陕后，夺取兴元路，占领秦（今甘肃天水西）、陇（今陕西陇县），进据巩昌（今甘肃陇西）。10红巾军攻凤翔（今陕西凤翔），察罕帖木儿往援，红巾军失利。1358年部分西路红巾军在李喜喜等率领下进入川，称“青巾军”。后来青巾军被徐寿辉部将明玉珍逐走，李喜喜不得不率部到武昌，投奔陈友谅。留在陕、甘、宁带的李武、崔德等曾于1359年攻占宁夏路（今宁夏银川）、灵州（今宁夏灵武南）等地。1360年5李武、崔德等被打败，向李思齐投降。
东路军是由红巾军的著名将领毛贵率领的。毛贵原是赵均用的部将。1354年濠州解围后，赵均用、彭早住东击泗州（今江苏盱眙西北）、盱眙（今江苏盱眙），据安东州（今江苏涟水），与董搏霄战于北沙、庙湾、沙浦等寨，败元军于泗州。1356年3驻守扬州的地主武装“青军”在其头领张明鉴率领下赶走了元朝的镇南王孛罗普化。孛罗普化逃奔淮安。不久，由盐丁组成的“黄军”也参加了起义。10赵均用联络青军和黄军攻克淮安，杀镇南王孛罗普化等元官。宋政权在此置淮安等处行中书省，以赵均用为平章。赵均用派毛贵攻取海州（今江苏连云港），由于元将也先来攻，毛贵夺取海船，率军由海道进入山东。
毛贵进入山东后，以迅雷不及掩耳之势，在1357年2月至4月这短短2个月时间里，先后攻下胶州（今山东胶县）、莱州（今山东掖县）、益都（今山东益都）、滨州（今山东旧滨县）、莒州（今山东莒县），元朝统治集团惊恐万状，急命湖广行省左丞相泰不花、知枢密院事孛兰奚和董搏霄等出兵堵击毛贵。7元镇守黄河的义兵万户田丰，响应毛贵起义，攻克济宁路（今山东巨野），不久被元义兵万户孟本周夺去，田丰被迫出走，转战济、濮（今山东济宁、鄄城、临清带），后又占领济宁。是年冬，在棣州（今山东惠民）的元义兵千户余宝也杀知枢密院事宝童，宣布起义。这时，元朝派往山东镇压农民起义的元军总指挥是太尉纽的该，他直龟缩在东昌（今山东聊城），不敢出战。
1358年1田丰攻克南北漕运的枢纽——东平路（今山东东平），元朝的南北漕运从此中断。同时，毛贵在益都西南的好石桥击败孛兰奚，孛兰奚退至济南，毛贵乘胜于2月初攻克济南。至此，山东各地大部分已为毛贵、田丰所占领。
宋政权在山东设益都等处行中书省，任命毛贵为平章。为了把山东建设成北伐的基地，毛贵设立了“宾兴院”，选用以前的元官，并派姬宗周等为地方政权的官吏，还颁发了铜印，使各级官吏行使权力，维护地方的秩序。同时，毛贵又在莱州立了360处屯田，每屯相隔30里，造大车百辆，运粮储备。不论官田、民田，律十收其，赋税标准是很低的。由于毛贵十分注重生产建设，因此山东的局势直很稳定，并为毛贵北伐奠定了物质基础。
1358年2毛贵开始挥师北伐，他亲率起义军进入河北。当时董搏霄驻兵南皮（今河北南皮）魏家庄，元顺帝为嘉奖董搏霄屠杀红巾军的战功，升他为河南行省右丞，这时毛贵兵已至，击败并杀死了董搏霄。接着，毛贵兵攻克清（今河北清县）、沧（今河北沧县）州，据长芦镇。3克蓟州（今河北蓟县），至漷州枣林（今北京通县西南）、柳林，元枢密副使达国珍战死，毛贵兵进逼京师大都。大都城内以元顺帝为首的元朝统治集团慌作团，有的主张北逃，有的主张迁都西安，甚至准备派人到高丽去造宫殿。真是乱糟糟，不知如何是好。可惜毛贵只是孤军深入，其他各支红巾军并未配合。当时元廷召方军队来援，毛贵又在柳林败于刘哈喇不花，不得不退师济南。这次北伐尽管没有成功，却是红巾军的次重要演习。1359年4从淮安来山东投奔毛贵的赵均用，竟杀了毛贵。7毛贵部将继续祖从辽阳回益都，欲杀赵均用。山东红巾军由于自相仇杀，从此蹶不振。但罪魁祸首是赵均用。
在毛贵北伐的同时，田丰也取得了很大的战果，先后夺取了东平、济宁、东庆路（今河南沁阳）、晋宁路（今山西临汾），后又折回山东。这时山东大部分虽为红巾军占领，但由于毛贵被杀，处于群龙无首的状态下。田丰、王士诚两部较大，田丰称花马王，王士诚称扫地王，互相攻伐。
1360年（至正十年）夏，察罕帖木儿开始向山东红巾军进攻。冠州（今山东冠县）、东昌相继失陷。8察罕帖木儿遣其子扩廓帖木儿及其部将阎思孝、关保、虎林赤由东阿（今山东东阿）造浮桥渡河，田丰率2万人夺桥未成，长清（今山东长清）陷落。
元军进攻东平，田丰将崔世英战败，东平被围。田丰投降，元授田丰山东行省平章职。
察罕帖木儿令田丰为前锋，先后招降了守棣州的余宝、守东平的王士诚、守东昌的杨诚，进而围攻济南。同时南陷泰安，北攻济阳、章丘，东略沿海州县。济南的红巾军坚守了3个月后，由于叛徒刘珪的出卖，于是年8月落入敌手。察罕帖木儿因镇压红巾军有功，升中书平章政事，知河南山东行枢密院事。10察罕帖木儿进围益都，毛贵原部将陈猱头等坚守。次年6田丰、王士诚杀察罕帖木儿，重返红巾军队伍，进入益都城。扩廓帖木儿继续围攻益都。11益都陷，田丰、王士诚被杀，陈猱头俘送大都。
接着莒州也被攻陷，山东的红巾军至此全部失败。
中路军由关先生、破头潘、冯长舅、沙刘、王士诚等率领。这路军的任务显然是为了配合毛贵进攻大都的。
1357年9中路军逾越太行山，攻取陵川（今山西陵川）、高平（今山西高平）。闰占领潞州（今山西长治），接着进攻重镇冀宁路（今山西太原），由于当时察罕帖木儿在这带驻有重兵，红巾军又退入太行山。
1358年春，毛贵率军进入河北，前锋直指大都。为配合进攻大都的战略计划，并加强中路军，这年2毛贵遣其部将王士诚、继续祖等自益都出兵，进攻怀庆路（今河南沁阳），杀元怀庆路总管王得贞。3王士诚等攻占晋宁路。这时，在山西的中路军，势力大增，决定分兵路：支攻绛州（今山西新绛县）；支由沁州（今山西沁县）出发，攻冀宁、大同（今山西大同）等地，准备由山西入河北与毛贵军会合，可惜由于元军的堵截，计划未能实现。
这年10关先生等由定州向西，占领大同，又北向进攻兴和（今河北张北）等路。
12关先生、破头潘等攻克上都。上都为元朝建立前忽必烈经营汉地的基地，元世祖以后的历代元朝皇帝差不多年年要巡幸上都，所以红巾军占领上都、焚毁宫殿，是有很大政治意义的。接着，关先生等又攻破全宁路（今辽宁昭盟翁牛特旗），焚鲁王宫府。又夺取辽阳行省所在辽阳路（今辽宁辽阳），并以此为基地，准备进攻高丽。元左丞相太平派他的儿子也先忽都儿总兵攻辽阳，他以为关先生等不会久留在辽阳，他儿子进攻辽阳可以马到成功，不料红巾军根本没有撤退的意思，也先忽都儿大败而归。
红巾军出兵高丽是为了进步打击元朝的封建统治。他们在高丽前后有3年的时间，到1362年（至正十年）初，红巾军被打败，关先生等战死，余众在破头潘率领下退守辽阳。4破头潘在辽阳被俘。
中路军在进军高丽的同时，1360年，由汤通、周成率领的支红巾军曾攻克大宁路（今辽宁昭盟宁城东北），为元将也速战败，汤通、周成牺牲。由雷帖木儿不花、程思忠率领的支红巾军曾占领永平路（今河北卢龙）及其附近州县，后亦被镇压。
北方红巾军的失败宋政权路北伐后，牵制了元朝的许多兵力，刘福通亲率的中央红巾军解除了压力，于是便开始向外出击。
1357年6月刘福通攻汴梁。汴梁是北宋的首都，北方红巾军以“复宋”为号召，因此进攻汴梁，对于推翻元朝封建统治是有很大的号召力的，但当年并未攻克。8刘福通攻占大名路（今河北大名南）、卫辉路（今河南汲县）。于是豫北、冀南广大地区均为刘福通占有，形成了对汴梁的包围圈。当时，太行山以东的豫北、冀南地区，元朝派河南行省平章答失都鲁驻守，答失都鲁曾多次败于红巾军之手，面对强大的红巾军，他自知必败，因而不得不求朝廷增援。元顺帝增派知枢密院事答里麻失里来援，结果元军大败，答里麻失里战死，答失都鲁被迫退驻石村。由于屡战屡败，答失都鲁忧愤而死，其子孛鲁帖木儿退驻井陉（今河北井陉）。
1358年5刘福通再次发动对汴梁的进攻。元汴梁守将竹贞逃跑。这样，北方红巾军多年的愿望实现了，刘福通便将汴梁定为宋政权的都城，韩林儿也从安丰迁来。
这时，北方红巾军出现了鼎盛局面。
但是，由于路北伐军的失利，形势发生了逆转。敌人对宋政权的“围剿”愈益加剧。由察罕帖木儿和孛罗帖木儿率领的两支最凶狠的军队，对宋政权的包围圈进步紧缩。1358年7察罕帖木儿移军洛阳，加紧了对汴梁的包围。孛罗帖木儿则竭力切断汴梁与山东的联系，拚命进攻曹州。11曹州陷落，红巾军首领武宰相、仇知院牺牲。1359年初，孛罗帖木儿又北上代州（今山西代县）、丰州（今内蒙陶卜齐）、云内（今内蒙土默特左旗北），驻守大同，以切断中路军与汴梁的联系。至此，宋政权的处境极其危急。察罕帖木儿移军虎牢，分兵南路出汴南，攻陷归、亳、陈、察，北路出汴东，置战船于黄河内，派兵据守黄陵渡。又发陕西、山西各路元军，把汴梁包围得水泄不通。8汴梁城破，刘福通保护韩林儿冲出重围，逃奔安丰。汴梁城内数万红巾军战士及宋政权官吏、家属被俘。
1363年2曾经投降元朝的张士诚，趁安丰空虚之机，遣大将吕珍进攻安丰。刘福通等进行了顽强抵抗。安丰城里粮食断绝，军民饥饿不堪，甚至腐烂的死尸也挖出来充饥。就这样，他们直坚持抵抗。小明王韩林儿不得不遣人向朱元璋求救，朱元璋亲率大军来救，可惜已经迟了，刘福通力战牺牲，朱元璋的军队击败了吕珍和前来助吕珍的、原属南方红巾军系统的庐州左君弼，救出小明王。后来，小明王被安置在滁州，到了1366年12朱元璋命廖永忠迎小明王到应天，途经瓜步，将小明王韩林儿沉死在长江里。
北方红巾军虽然最后失败了，但是他们在元末农民起义中的功绩是不可磨灭的。
正是他们最有力地打击了元朝的有生力量，正因为有他们的英勇斗争，才为后来朱元璋最后灭亡元朝、统全国奠定了基础。
朱元璋势力的崛起朱元璋参加红军后，因为他打仗机智勇敢，又识得些字，很快就被提为亲兵夫长，留在郭子兴的身边。郭元帅见他年纪虽轻，却有见地，有胆略，交给他办的事情，无不办得很好，又很得下面战士的心，的确是个难得的人才，就把自己的养女马氏嫁给他。朱元璋做了元帅的女婿，他在军中的地位也就与众不同了。
这时濠州城里有个元帅，互不服气，互不统辖，时常在闹矛盾，股力量合不到块。打下濠州大半年，竟不能出濠州城步。朱元璋看出，长此下去，不是自家闹事火拼，就是要被元军吃掉；如果想干番事业，就非得发展队伍、扩大地盘不可。于是，他回到老家钟离乡，竖起面招兵大旗，小时候的放牛朋友徐达、周德兴和乡里的几十个青年都来投军。这些人后来长年在朱元璋身边冲锋陷阵，出生入死，又同是淮西人，逐渐地就都被任命为带兵的将帅，形成朱元璋军队中的骨干。不上十天功夫，朱元璋就招募了700人，郭子兴见此大喜，升他为总管。朱元璋不愿局促呆在濠州，想到外面继续发展队伍，扩大势力范围。他征得郭子兴的同意后，就带着徐达等24位贴身体己的将士往南攻打定远。
定远被攻克后，当地人冯国用、冯国胜兄弟俩带着队伍前来投顺。冯家兄弟是个中小地主，因害怕红军，组织乡兵，结寨自保。他俩听说朱元璋吃掉了附近的两支地主武装，又听说朱元璋打下定远后军队纪律还不错，就带领自己的乡兵主动归顺。朱元璋见他兄弟俩身着儒服，知道是个读书人，就向他们请教取天下的大计。冯国用回答说：“金陵（今南京）的地理形势正如古人所说的龙蟠虎踞，是帝王建都的地方。您可先攻下它作为根据地，然后出征伐，倡仁义，收人心，不贪取财宝女色。这样，天下是不难平定的。”朱元璋听了非常高兴，把他兄弟俩留在军中，参预机务。
紧接着在进军滁州（今安徽滁县）的途中，定远人李善长到军中谒见。李善长也是地主出身，从小读书，研究法家学问，颇有智谋。见面后，朱元璋问他：“如今方战乱，什么时候才能太平呢？”李善长答道：“秦末大乱时，汉高祖以布衣起兵，他为人豁达大度，知人善任，不乱杀人，年而成帝业。”他接着说：“你是濠州人，距刘邦的家乡沛县不远，只要你认真学习这位老乡的长处，天下是可以平定的。”朱元璋听后连声称善，把李善长也留在身边，帮助筹谋划策。李善长的这次谈话对朱元璋的影响很深，自此，他事事以刘邦为榜样，直到建国后的些政治、经济措施，也都是向刘邦学习的。
文人们的席话更使朱元璋立下雄心壮志，也使他更加明白读书人的用处，懂得历史上许多成功和失败的经验教训都写在书上，只有读书人才能取得这些知识。但是，自己书读得很少，没有读书人的帮助，要取得天下是不可能的。从此，他对有学问的读书人更加尊重，只要能提出合理的建议，都给予优厚的待遇，也就是所谓“礼贤下士”。
要想成大事，首先就得整顿军队纪律，取得老百姓的支持。但是，起义军的成分复杂，其中有投降的元朝官军，也有收编的地主武装，因此，不少士兵染上了元军抢掠奸淫的恶习。朱元璋下决心整顿自己部队的纪律，使自己的军队成为支仁义之师。打下和州（今安徽和县）后，他看到将士掠人妻女，搞得百姓夫妻母子不能团圆，就召集诸将说：“诸军自滁州以来，不少将士掠人妻女。军队如果没有纪律，怎么能安定民众呢？”他下令把营中抢来的妇女全部放出，让其亲人认领。营门外，早就在等候的父母、丈夫、儿女重又和自己的女儿、妻子、母亲团聚，时悲喜交集，哭声、欢笑声融成片。自此以后，每攻下城，都严申纪律，叫李善长这班文人写成布告，到处张贴，并派执法队沿街巡逻。在渡江攻进太平（今安徽当涂）时，个士兵违反纪律，马上被斩首。后来接受杭州投降时，主将李文忠睡在谯楼，不住民房。有个士兵私自向百姓借铁锅，被斩首。
将士出征前，朱元璋每每告诫他们：攻下城，不许妄杀，不许掳掠。他常说：“取得地盘，如果没有百姓，又有什么用处呢？”在当时，群雄并起，大多只图子女玉帛，不惜荼毒生灵，朱元璋以夺天下为目的，约束军队，纪律严明，因之仁义之声远近传闻，有些地方举城归降，省了许多攻城之力。这也是他战胜群雄的重要原因之。
朱元璋对下面的将士赏罚分明，有功必奖，犯了过错，即使是主要将领，也不能随便饶过。当时军队曾度缺粮，军中严禁喝酒。大将胡大海的儿子犯了禁令，朱元璋准备按法令行事，有个官员提醒说，胡大海正在前方带兵打仗，杀了恐怕不妥当。他听更加愤怒，说：“宁可使胡大海反了，也不可坏我号令！”说完，亲自抽刀把他杀掉。由于朱元璋执法严厉，所以在他的军队里没有行不了的号令。
至正十年（1355年）郭子兴病亡。这时刘福通已经派人把韩林儿接到亳州（今安徽亳县），立为皇帝，又称小明王，建国号为宋，年号龙凤。郭子兴死后，小明王就任命其子郭天叙为都元帅，朱元璋为左副元帅，军中文告均用龙凤年号。不久，郭天叙和另副元帅双双战死，朱元璋遂成为大元帅，郭子兴的旧部全都归他指挥。
朱元璋在开始的头几年，地狭人少，力量单薄。因此，他用优待降人的办法，瓦解敌人，壮大自己。至正十年（1356年）春在攻打集庆（今南京）的战斗中，元将陈兆先战败，率所部3.6万人投降。这些降兵不清楚朱元璋将如何处置他们，内心疑惧不安。朱元璋觉察到降兵的疑虑，就在3.6万人中挑选了500个骁勇健壮者，把他们带到自己营房，夜里让这500人环绕自己睡觉，而他自己平时的卫士个也不留。朱元璋脱下战甲，倒头酣然入睡，觉直到天明。第天，这500勇士非常感激朱元璋对他们的信任，在攻城时个个奋勇先登，发挥了很大的作用，而那3万多士兵也都安下心来为朱元璋效命。
攻占集庆之后，朱元璋把它改为应天府，以它为中心，东起句容至溧阳，西起滁州至芜湖，把这么块地作为向周发展势力的根据地。虽然地盘不大，有被吃掉的危险，但也正因为他目标小，不招引元朝的注意。而且，这时他的北面是韩林儿、刘福通，东面是张士诚，西面是徐寿辉。这样，东、西、北面都有别股力量隔着，不与元军直接接触，只有南面有零星几支元军。而这时元朝的主力正在北方和刘福通激战，无力他顾。他利用这有利形势，消灭周围些处于与大部队隔绝、孤立、分散的元军、地主武装和其他割据政权的军队。镇江、长兴、常州、宁国、江阴、常熟、池州（今安徽贵池）、徽州（今安徽歙县）、扬州等应天周围的据点都在至正十年至十年年多的时间里先后被攻克。至此，朱元璋的地盘更大，根据地更巩固，已有足够的力量向更远的地方发展。于是，他决定集中兵力，出击浙西、浙东，消灭该地处于孤立无援的元军。
当攻下徽州时，朱元璋召见名儒朱升。朱升向他提出了条战略方针：“高筑墙，广积粮，缓称王”。第条是巩固后方军事；第条是发展生产，增强经济实力；第条是不要急着称王，以免树大招风。朱元璋对这条十分赞赏，留朱升在军中办事，他的建议也逐步实施。至正十年（1358年），他任康茂才为营田使，负责兴修水利和屯田等项农业生产的工作，并拨出部分将士开荒屯田，定下生产任务，超产者赏，没完成的罚。这些措施解决了战时粮食困难的问题。不上几年的时间，粮食堆满仓库，军队不愁乏粮，也减轻了自己势力范围内的农民负担，军民皆大欢喜，增强了日后战胜群雄的经济实力。
到至正十年（1359年），婺州（今浙江金华）、诸暨、衢州、处州（今浙江丽水带）等地又被攻克。浙东的攻取，不仅使朱元璋得到块土地肥沃、人口稠密的好地方，有着经济上的重大意义；而且消灭了这里的元军，也消除了日后与其他群雄决战时的后顾之忧。这年，小明王任命他为江南等处行中书省左丞相。
浙东虽已平定，但地方上的望族刘基、叶琛、章溢还躲在深山里，不肯出来。他们人都当过元朝的官，抗拒过红巾军。朱元璋派人带了厚礼，并叫军中的文人写了好多书信，再地聘请。刘基等人经过了解，知道朱元璋的政权并不与地主作对，才答应出山。
这人和婺州的宋濂起被请到应天。朱元璋称他们为先生，特地为他们盖了座礼贤馆，恩礼备至。他还经常叫宋濂等人为他讲经史，认为这些东西对他很有用，学得很认真，常常和宋濂在起研究儒家的经典和历史上的成败原因。
自投军年来，朱元璋已由个小步卒发展成为称雄方的霸主。他的政治地位变了，再也不用反对阶级压迫来号召起义，而是突出了民族斗争的口号。攻下婺州时，他在衙门前树了两面大旗，上写“山河奄有中华地，日月重开大宋天”，用来号召切反元力量，争取那些不满蒙古贵族压迫的汉族地主阶级加入自己的阵营。
南方割据势力的消灭陈友谅杀徐寿辉称帝后，政治上把矛头对着朱元璋。陈友谅生活上腐化奢侈，他有成群的后宫妃妾，精致华丽的宫中器物，睡的是镂金床，玩的是珠宝器，和张士诚伙样，完全变质了。
为了挽救他的失败，1363年4陈友谅竭尽全力，作灭亡前的最后挣扎，举兵包围洪都（今江西南昌），于是爆发了历史上著名的鄱阳湖水战。
为了进行这次战争，陈友谅特制了数百艘大舰，舰高数丈，外涂红漆，上下级，每个大舰有用铁皮包的小船几十只。他选择了朱元璋北上救援小明王尚未回师的时刻，统兵60万，家属百官全部出动，真是气势汹汹，不可世！洪都城原来紧靠赣江，朱元璋考虑到靠江易受水师进攻，将城墙改建为去江岸30步，这次陈友谅来攻，大舰无法靠城墙，只好登岸围城。洪都守将是朱元璋侄子朱文正，他率军死守了85天。7朱元璋亲率20万大军来救，陈友谅退至鄱阳湖迎战。
当时双方的兵力，陈友谅拥兵60万，大舰数十艘，朱元璋只有20万，用的是小船。
从表面上看，陈友谅在人力、物力上占绝对优势，但他杀主篡权，大失人心，内部不稳。
他的战舰用铁索联在起，转动不便，朱元璋战船虽小，却机动灵活。而朱元璋的部队则是上下心，士气高涨，准备决死战。
朱元璋看准了陈友谅的弱点，开始就采用火攻。7月21日，朱元璋利用风势发火炮。焚毁陈友谅舰十余艘。22日，朱元璋命敢死勇士驾满载火药等易燃物的小舟，冲向敌阵，乘风纵火，陈友谅舰船被焚数百艘，陈友谅弟友仁、友贵及许多重要将领都被烧死。经过23日、24日两天激战后，陈友谅不得不败退保鞋山。
这次激战后，朱元璋派出伏兵封锁鄱阳湖到长江的出口，堵住了陈友谅的归路。8陈友谅准备逃奔武昌。26日晚，他在突围时被飞箭射死，结果全军溃败，张定边乘夜晚用小船把陈友谅的尸体运回武昌，并立其子陈理为帝。
1364年2朱元璋率水陆大军征武昌，陈理请降，汉政权灭亡。
陈友谅灭亡后，朱元璋着手出兵平江，消灭张士诚。这年5朱元璋在夺取了苏北向江南进军前，发表了《平周檄》，这篇檄文虽然仍用“皇帝圣旨，吴王令旨”和“龙凤”
年号，却完全站在地主阶级立场上指责张士诚，文中对红巾军进行了百般攻击和污蔑，标志着朱元璋已经转化为封建帝王了。
1366年8朱元璋命徐达为大将军、常遇春为副将军，率兵20万攻平江。到11日时，徐达等先后攻占了湖州、杭州、绍兴、嘉兴等地，只有无锡还是张士诚部将莫天祐驻守，朱军已形成了对平江的包围。张士诚的重要将领吕珍、李伯升等先后投降朱元璋。朱元璋用叶兑的销城法，在平江周筑长围围困，又架木塔（名叫敌楼）层，监视城中动静，每层架起弓弩火铳；又设襄阳炮日夜轰击。张士诚内无粮草，外无援兵，只好拚命突围，也未成功。朱元璋派人劝降，也遭拒绝。1367年6张士信在阊门督战，正挟妓欢饮，不料弹飞来，中炮身亡。9城破，周仁、潘元绍等投降，张士诚率军巷战，最后自尽未遂，俘送应天，自缢死。张士诚割据政权消灭。
正当朱元璋的军队攻克湖州、杭州并发动围攻平江时，长期过着两面派生活的方国珍惶恐不已，他自知难保，日夜偷运珍宝，搜集海船，准备下海逃跑。1367年9朱元璋在消灭张士诚后，遣军分两路进攻方国珍：参政朱亮祖路攻台州，方国珍败逃黄岩，朱亮祖又攻温州，方国珍侄方明善逃走，朱亮祖分兵取瑞安，自率舟师败方明善于乐清的盘屿，追至楚门海口；征南将军汤和路先取余姚、上虞，进攻庆元，方国珍逃入海中，汤和率军追击，又下定海、慈溪等县。11朱元璋又令廖永忠率舟师入海，与汤和合击方国珍，方国珍黔驴技穷，不得不纳款投降，这股割据势力终于被平定。
朱元璋和南方红巾军各派系的关系，般说来都是紧张的，唯独与川的明玉珍比较好，这是因为朱元璋和明玉珍都是反对陈友谅的。1364年陈理投降后，朱元璋开始与明玉珍通好。明玉珍也复书表示通好。1366年明玉珍病逝，明升即位。明升年幼无知，其母垂帘听政。大臣间互相不和，丞相万胜杀知院张文炳，明玉珍义子明昭又杀万胜，平章吴友仁不服，联合陕西李思齐、张良弼和丞相刘祯杀明昭，才算安定下来。
明升即位后，夏政权与朱元璋仍互有来往。明朝建立后，当然不容许小小的夏政权继续存在。1369年（洪武年），朱元璋遣使诏谕明升，明升不从。1371年（洪武年）朱元璋令汤和为征西将军，进逼重庆，明升投降。夏亡。
南方的割据势力，除了陈友谅、张士诚、方国珍和明升外，还有始终效忠元朝的陈友定、何真、把匝剌瓦尔密等。陈友定是福建的“义兵”头目，因镇压红巾军有功，长期割据福建；何真是广东的“义兵”头目，曾经镇压过广东许多小股的农民起义军。这两股割据势力分别在1367年和1368年被消灭。云南王把匝剌瓦尔密是元朝的残余势力，直到1381年（洪武十年）才被消灭。
朱元璋北伐与元朝的灭亡正当朱元璋逐个削平南方群雄的时候，北方军阀集团之间的火并愈演愈烈。
连绵不断的军阀混战，把被红巾军打得零落的元朝残余军事力量进步削弱了。
朱元璋攻取东吴以后，洞察这形势，及时地决定了北伐的方针和策略。吴元年（1367年）十命徐达为征虏大将军，常遇春为副将军，率师25万，由淮入河，进军北伐，决定：“先取山东，撤其屏蔽，旋师河南，断其羽翼，拔潼关而守之，据其户槛……然后进兵元都”。也就是先肃清外围的守敌，待到“天下形势如我掌握”，“彼势孤援绝”之时，举夺取元朝的统治中心。
为了争取北方人民的支持，朱元璋在大军出发前，告诫诸将说：“汝等师过，非必略地攻城而已，要在削平祸乱，以安生民。凡遇敌则战，若所经之处及城下之日，勿妄杀人，勿夺民财，勿毁民居，勿废农具，勿杀耕牛，勿掠人子女，民间或有遗弃孤幼在营，父母亲戚来求者即还之。”还发布由宋濂起草的谕齐、鲁、河、洛、燕、蓟、秦、晋人民的檄文，申明北伐的目的是：“驱逐胡虏，恢复中华，立纲陈纪，救济斯民”，“拯生民于涂炭，复汉官之威仪”，号召各地人民不要逃避，“如蒙古、色目，虽非华夏族类，然同生天地之间，有能知礼义、愿为臣民者，与中夏之人抚养无异，”宣布：“予号令严肃，无秋毫之犯，归我者永安于中华，背我者自窜于塞外。”
朱元璋的北伐檄文，具体而明确地提出了重建汉族封建王朝的目标，有利于消除元政权下汉官汉兵的敌对情绪，分化蒙古、色目贵族集团的抵抗力量，同时也符合饱经军阀混战之苦的各族人民要求统和安定的强烈愿望，因而产生巨大的政治影响，为北伐的胜利进军铺平了坦途。
北伐大军按既定方针，先取山东。徐达兵锋所至，元军溃不能当，山东诸郡纷纷望风降附。
在北伐大军进取山东、撤除元廷屏蔽的胜利声中，朱元璋在李善长等人奉表劝进下，在吴年（1368年）正月初日即皇帝位，定国号为大明，建元洪武，是为明太祖。
以应天为京师，册封马氏为皇后，立世子标为皇太子，以李善长、徐达为左右丞相。
洪武元年（1368年）徐达实施“旋师河南，断其羽翼，拔潼关而守之，据其门槛”的作战计划，引舟师由郓城渡黄河，直趋汴梁。元将左君弼、竹昌迎降。徐达大军西下河南府（洛阳），大败元军于洛水北，元梁王阿鲁温降。又乘胜收复荥阳、福昌、许州、陈州、汝州等地，“河南平。”同时，徐达命冯宗异（即冯国胜）、康茂才等分兵取陕州。冯、康等长驱崤函，直抵潼关，据关而守，阻住了李思齐等援军东来之路。至此，战局已经明朗化，大都的克复指日可待。于是，朱元璋亲到汴梁，从容布置进克大都战略。
闰徐达、常遇春从汴梁率师北上，经彰德、磁州、广平，大会诸将于临清。接着，马步舟师沿运河北进，克德州，下长芦、青州，直至沽，元将也先自海口逃遁。十日，进克通州，元顺帝闻报大惧，于次日夜鼓带后妃太子出居庸关逃往上都。月初日，北伐军从齐化门填濠登城，克复大都，元朝亡。
