1月：
3日，清军与湘军塔齐布部会合小池口，开始对九江、湖口太平军取包围之势。湘水师、清陆师和湘军罗泽南部三路合攻太平军。曾国藩深知自己陆师力单，即呈请咸丰调派湖北按察使胡林翼二千人、湖北督标副将王国才部、池宁太道何桂珍等部归其节制；又奏请咸丰部署宿松、望江、潜山、太湖等地区协攻之师。至1月中旬，曾国藩完成对九江、湖口太平军之包围，欲一举全歼该部太平军。
太平军方面，以林启荣守九江，黄文金驻湖口，罗大纲部驻梅家洲，控制洲尾拦湖嘴（内河出口）；翼王石达开自皖省安庆进驻湖口县城。此部太平军人数约为两万人。1月3日，双方接仗。1月8日，太平军乘夜火攻敌船，敌军亦放火反扑，互有胜负。1月中旬以后，太平军水师则“坚匿不出”并以火球与喊声疲劳湘军。湘军几次进攻，均未成功。1月下旬，湘军水师开始自外江开船，猛冲太平军水营木排。双方展开水军激战。太平军湖口水师木排阵地被攻破。守将梁国安、熊长易、许学受、熊廷诏、陈经纹等均奋战阵亡。1月末，湘军水师自湖口冲入内塘四十里（鄱阳湖）大肆焚烧太平军船只，以为可以从此打开江西粮道，以供军用。太平军即乘此机会于当夜三更，火烧敌船。湘军损失大船九只、小船数只、杂色座船三十余只。太平军并立即堵住湖口水卡，使湘军水师分而为二，其百余船舰、二千士卒被封锁于鄱阳湖内。其另部水师在九江附近大营。2月，罗大纲部于梅家洲将小划数十只放入江中，以火弹、喷筒，火攻敌之船舰，并围攻曾国藩座船，几将曾国藩活捉。曾国藩悲愤之极，欲跳水自杀，被拦阻，后逃跑南昌。曾国藩水师一朝瓦解，太平军大败湘军，取得江西广大地区，扭转战局。4月3日，太平军再克武昌，湘军转胜为败，太平军走向巩固与发展阶段。
13日，大学士军机大臣祁嶲藻在军机处无所作为，为咸丰所不满，令其致仕（退休），以贾桢为大学士。又任翁心存为吏部尚书，周祖培为兵部尚书，许乃普为左都御史。
江苏苏州、松江、太仓各府州县洪水上涌，突起至二、三尺。江苏大地震。
18日，因曾国藩攻克小池口，咸丰嘉奖之，赐狐皮黄马褂。
21日，清廷认为清军攻克英、霍两县均有民力以助，免该两县三年漕粮。
24日，因举人臧纡青进攻桐城力竭阵亡，清廷赠三品，予世职。
本月：太平天国取消男女隔离制度，准许夫妇同居。自金田起义以来，洪秀全等将男女分编为男营与女营，不准夫妇同居。建都天京后，又将天京居民分成男行、女行，不准逾越。至此，方取消男女隔离制度，准许男女结婚同居，恢复了社会正常家庭生活。
2月：
17日，上海小刀会领袖、太平天国诏封之大元帅刘丽川，自上海撤退，阵亡。
26日，因江浙漕米不敷，清廷启用京师仓谷；命怡良开办米捐解来京师。
3月：
2日，吉尔杭阿奏克上海县城，咸丰下诏嘉奖之。
9日，僧格林沁上奏攻克连镇，北伐军统帅林凤翔被俘。林于3月15日在北京被凌迟处死。清廷封僧格林沁为亲王，命其移军山东，进攻高唐地区之太平军。钦差大臣胜保师久无功，撤职拿问。
18日，王懿德奏：夷商来闽贩茶，租赁民房，凡久居者应收茶税。咸丰同意。吉尔杭阿又奏法国军人助攻上海，应奖绸四端，银一万两，咸丰亦准。
4月：
18日，因巡抚陶恩培于武昌阵亡，清廷以胡林翼代理湖北巡抚。
6月：
2日，僧格林沁奏攻克冯管屯，太平军定胡侯李开芳被俘。旋解北京凌迟处死。咸丰许僧格林沁亲王世袭，出入乘肩舆。
11日，西安将军扎拉芬于湖北对太平军作战阵亡，清廷优恤之；撤杨沛湖广总督职，以官文为湖广总督；任绵洵为荆州将军，瑞麟为西安将军，命西凌阿为钦差大臣，赴湖北镇压太平军。
18日，清廷抚恤福建阵亡知县高鸿飞。准入祀京师昭忠祠，并于台湾为其建祠。
20日，广东清军攻克河源等县，与会众战于三水。
24日，因地主团练屡有抗粮抗捐之事，咸丰特下诏曰：兴办团练，原为保卫乡里，而河南省之团练，屡有抗粮、抗官之事。似此相率效尤，流弊甚广，各督、抚务必加意整顿，勿令日久成患。此后，山东有“黑团”起事，旋被平定。
27日，以柏莜为热河都统。
7月：
9日，云南回民多年以来，经常发生反抗地方官吏苛征暴敛事件，惊动京师，咸丰特下诏曰：朕闻云南回民易滋事端，屡有聚众抗粮之事。春恒、舒兴阿，务将首要各犯惩处，勿令日久蔓延。
命李钧为东河河道总督。
17日，广东清军攻占封川，与反清会众战于虎门洋面。
8月：
7日，黄河在河南省兰阳县铜瓦厢三堡决口，洪流经直隶省长恒县、东明县入山东省东阿县张秋镇，穿运河，注大青河，经利津县入海。黄河又从江苏旧道改流山东入海。
13日，尊康慈皇贵太妃，为康慈皇太后。
14日，清廷以文俊为江西巡抚。
21日，皇太后崩。
本月，安徽毫县雉河集人张洛行，召集各地捻党首领于雉河集集会，被公推为盟主，统一领导捻军。并颁布大汉明王布告，制定行军条例十九条。全军分红、黄、蓝、白、黑五旗，拥兵数万。张领黄旗；侯世雄领红旗；韩万领蓝旗；龚得树领白旗；苏天福领黑旗。此为捻军之形成。
9月：
2日，以恭亲王奕于一切礼仪，多有疏略之处，咸丰谕令免其在军机大臣上行走，并开去宗人府宗令、正黄旗满洲都统缺，回上书房读书，以文庆为军机领班大臣。文庆于此推动重用汉人之大政方针，此后出现一批汉人封疆大吏（见后）。
3日，广东清军攻占肇庆府、德庆府。
4日，山西阳城民众起事，旋被镇压。
14日，英桂奏：邱联恩捕获捻军首领易添富、王党等。后杀害之。
20日，喀什噶尔回众入卡倭什珲布，清廷派兵逐之。
10月：
江苏天雷，地震。
15日，清廷以刘钲为汉军都统。
20日，命文庆、叶名琛协办大学士。
23日，清廷发内库银十万两，续赈直隶、山东灾民。
24日，贵州苗民在满清官吏、汉族地主、苗族土司、通事之联合奴役、苛剥下，生不如死，屡有反抗。本日贵州苗民领袖张秀眉率数万众起义，并设官分田。后于1859年，与进入贵州之石达开太平军合作。石达开于1863年失败后，张秀眉势孤，但仍坚持斗争，直至1872年，张秀眉被俘就义。
11月：
3日，四川马边厅“夷人”起事，旋平定之。
4日，太平军之庐州失陷，全军五千人阵亡；捻军张洛行部由归德南进，成丰命提督武隆阿追击之；命官文为钦差大臣，督办湖北军务。
7日，调邓绍良为固原提督。
16日，免合肥三年额赋。
20日，贵州苗民攻占都江。
24日，太平军翼王为解武昌之围，向江西进军，江西新昌、临江、吉安、泰和之天地会纷纷加入太平军；西江各州县之民众，亦望风归附，连克江西各府、县城，曾国藩被困南昌。
本月：江苏地震。
12月：
1日，清廷永免河南摊征河工加价银四十万两。
13日，胡林翼奏请购买洋炮与太平军作战；咸丰命叶名琛购洋炮六百尊，由湖南水运湖北，以供军用。
20日，廓尔喀入侵入后藏。
调麟魁为刑部尚书，以瑞麟为礼部尚书。
本年：清廷免直隶、山东、湖北、广西、贵州等一百五十八州县灾赋，免江苏盐场场课。朝鲜、琉球入贡。
本年，捻党各路首领于安徽雉河集会盟，公推张洛行为盟主，并制定捻军《行军条例》，初步建立捻军。其先，1844年，山东、河南、江苏三省边界地区，有捻党或“捻子”李佩章、李春红、孙友顺、王开文等部，贩运私盐，抗拒官府。次年于山东钜野、定陶、郓城地区组织武装反抗清军。1847年，捻党活动扩大到曹州、济宁、兖州、泰安地区，以“替天行道”为口号，并立有“顺天王”、“仁义王”名号。1848年钜野捻党领袖董维斋、任昆、马文彪被捕。捻军1855年成立后，于1857年参加太平军。张洛行受封“成天义”。
英、美、法三国外交代表联合对华要求修改已签订之条约。上年先于广东、江苏进行交涉，后于大沽口外交涉，均未有结果。本年，美国又派伯驾为公使，会同英、法公使，继续从事对华要求修约活动。所要求内容，英国是：（一）中国把内地全部及沿海各城市开放，准许英商贸易。如不被接受，则要求于长江自由航行，并加开镇江、南京、温州、杭州为商埠。（二）中国承认贩卖鸦片为合法贸易。（三）废除英国货物在中国内地通过税。（四）外国使臣驻北京，与清政府大臣公文往来；各国使臣得与各省总督直接会晤。美国是：（一）美国外交官入驻北京。（二）对华通商范围无限制扩大。（三）尽行废止一切限制美国人民在华活动之个人自由禁令。
对此要求，江苏巡抚吉尔杭阿主张接受，以便镇压太平军，但咸丰不同意，并下谕申斥之。部臣崇纶亦主张妥协，以便结外国之欢心，而全力对付太平天国。但咸丰与多数大臣如奕等，仍对列强心存疑惧，拒绝修约要求。
