返回剑桥12个月后，牛顿就面临着至关重要的研究员选举。
这是他迄今所面临的第一次选举，也是最重要的一次选举。就像三年前他对奖学金的名额竞争一样，这次选举结果关系到牛顿的整个未来。
这次选举关系重大，将决定牛顿是否继续留在剑桥大学，课题研究是否继续进行，也可以这样说，是否要回到林肯郡，是否回到他的家庭背景所能安排的乡村牧师职位上去，这所有的一切都将由这次选举来决定。
从表面上看，牛顿成功的机会不是很多。因为三一学院已经三年没有进行选举了，只有9个待补名额。
还有一部分学生享有某种特权，而政治影响也起了很大的作用，那些有关系的便接近王室成员，想方设法地弄到国王的委任信函，指定选举他们。
剩下的就只有靠院长和8位高级研究员来选择了，这对他们影响力的炫耀到处可见。
在9月的最后一周，候选人必须坐在教堂里4天，接受高级研究员们严格的考核。而这些课程，牛顿已经将近4年没有碰过了。
在这种形势下，这位往日的减费生不管付出多么大的努力，被选举的机会真的是非常渺茫啊！
如果他也有人赞助的话，那么他胜出的机会就大了。
如果这次选举成功，就会使牛顿成为学院委员会的永久成员，并且，按照他的个人理解，从此他便可以自由地做研究工作了。
1667年10月，牛顿如愿当选为学院研究员，只是这个研究员的位置并不是那么重要。9个月后，牛顿从被授予文科硕士学位开始，他才正式登上了重要的研究员的位置。
授予硕士学位只是一个形式而已，但也从来没有听说哪个人拒绝过。
在以后的7年中，最后一步随时都会到来。
除两名特定成员外，学院60名研究员的任职，在获得文科硕士学位后，7年之内要获得牧师的身份。
1667年10月2日，牛顿成了三一学院的研究员。
获得了硕士学位后，牛顿在三一学院整整生活了28年。
这些年大致上也正是剑桥大学与三一学院最艰难的时期，因为这段时间国家正处于动乱时期。不论他当初的愿望是什么，都没有找到一个志趣相投的学者圈子。
牛顿作为一个追求真理的哲学家，他发现自己身处那些有了职位却还在找位置的人中间。
他的全部创造生活的背景也正是由于这一基本事实被染上了颜色。
牛顿还是不太适应学院的生活，这一点对他来说其实是非常有利的。
因为研究员生活中的琐事逐渐多了起来，完全可以将有希望的人给抹杀掉。
牛顿就是有着常人所不具备的精神。他不论在何种情况下，都会热情地用心钻研。他远离群体生活，自己独处，完全投入到了对知识的追求当中。
学院的管理手册上的记录充分证明了牛顿在校学习期间是极少离校的。即使是他离校了，一般也只是回家看看，但时间不是很长。
1669年，即学院管理手册指的是到1669年9月29日米加勒节结束的前12个月，牛顿有52个星期全在校；1670年，牛顿49周半在校；1671年，牛顿48周在校；1672年，牛顿48周半在校。
10年后，牛顿发现他去教堂的次数非常的少，因为他每晚都要工作到凌晨两三点。
通过这件事足以表明，牛顿一直都是在用心研究，而且很少中断，即使他晚上去教堂也只是去比较近的圣玛利亚教堂。
在他读本科时，学院的宽松管理就曾帮过他的忙，现在对他也是十分有利的。
牛顿的同时代研究员乔治·莫特和帕德利克·科克等人，在学院孤独、单调地生活了将近40年，既没有去教书，也没有做任何研究，校方也没有追究他们的责任，同样也不会追究牛顿的。
现在的牛顿认为：只需避开三件不可饶恕的过失，即犯罪、异教与婚姻，他的研究就能继续做下去。
事实上，牛顿真就是终生未娶。
