郑畋听闻张直方被杀，痛哭不已，对众将士说：“仲武会昌时功第一，张直方庇护大唐大臣，不愧是名门之后。”郑畋派儿子郑凝绩去朝见僖宗。
唐僖宗出逃到终南山，郑畋在斜谷迎接僖宗，哭道：“大臣贻误陛下到如今这个地步，臣是罪人，请陛下杀了臣。”僖宗说：“这不是你的错!孤先到兴元暂避，汝一定要坚守关口，不让反贼进来。”郑畋答道：“臣一心报国，死而后已，请陛下不要担心东方的事情。但是许多事情来不及请示，请陛下准许臣便宜行事。”僖宗说：“只要是对国家有利的，你看着办吧。”于是继续往汉中逃窜。
僖宗出幸，途无供顿，卫军不得食。来到汉阴县，军士都闹着要吃饭，田令孜大怒说：“大家有幸跟着皇上出幸，那是你们祖宗修来的福气，是天大的荣幸，谁再敢闹要吃饭，先给我拉出去砍了。”军士们大怒，个个都想造反，突然，前方将领说：“汉阴令李康献糗饵数百骡纲。”军士大喜，僖宗令分发给大家，军士们始得食。僖宗召李康问说：“卿为县令，安操心及此？”李康对说：“臣为尘吏，敢有此进献？张濬员外教臣也。”僖宗异之，急召张濬至行在，张濬，宿州符离人，郡望河间。濬倜傥不羁，涉猎文史，好大言，为士友之所摈弃。初从乡赋随计，咸薄其为人。濬愤愤不得志，乃田衣野服，隐于金凤山，学鬼谷纵横之术，欲以捭阖取贵仕。乾符中，枢密使杨复恭因使遇之，自处士荐为太常博士，累转度支员外郎。黄巢将逼关辅，濬托疾请告，侍其母，挈族避乱商州。僖宗问张濬说：“朕失去了长安，江山还能够保得住吗?”张濬说：“黄巢只是流寇，不足为虑。”僖宗大喜，拜张濬兵部郎中。封李康为商州刺史。
到了汉中，宦官入报：“郑畋儿子郑凝绩前来。”僖宗大喜，宣凝绩入见。郑凝绩拜见僖宗说：“吾父亲斩杀黄巢的使者，请皇上召集天下藩镇一起收复长安。”僖宗听闻郑畋如此威武，大喜，诏令：“天下藩镇勤王，以收复长安，如有杀贼立功者封官进爵”。下完诏书后，僖宗继续往西蜀逃窜。正是：“九重天子去蒙尘，御柳无情依旧春。今日不关妃妾事，始知辜负马嵬人”。
唐僖宗逃到兴元，加封检校司空、太原尹、北都留守、河东节度使、同平章事郑从谠为侍中、行营招讨使。令其将兵马交付北面招讨副使诸葛爽，率军南下勤王。诸葛爽，诸葛亮三百年后的后代，曾在山东当过小吏，因故被县尉杖责，弃官而去，沦为乞丐。咸通九年（868年），庞勋叛变，攻占徐州，囚禁节度使崔彦曾，诸葛爽加入叛军，累军功至小校。庞勋战败后，诸葛爽和泗州守将阳群率百余人投降朝廷，被任命为汝州防御使。广明元年（880年），代北沙陀首领李国昌及其子李克用叛乱，威胁河东太原府。朝廷命诸葛爽率领洛阳守军北上救援，任招讨使李涿的副帅。随后，唐僖宗召振武军节度使吴师泰回京任左金吾卫大将军，以诸葛爽为振武节度使。但吴师泰抗命不遵，僖宗无奈，改任诸葛爽为夏绥银节度使，检校尚书右仆射。
郑从谠接诏后涕泗不止，当即命牙将论安、后院军使朱玫统领五千兵马，随诸葛爽入关平叛。代北行营兵马诸葛爽勒兵刚到长安附近的栎阳，僖宗就跑到了西蜀，黄巢命朱温招降诸葛爽，朱温化装成使者带着两个侍卫先拜见朱玫，朱玫对朱温说：“你我各为其主，你轻身而来不怕我对你不利吗？”朱温大笑说：“两国相争，不杀来使。”朱玫说：“你有何说我？”朱温说：“你我皆姓朱，八百年前是一家，为什么要自相残杀呢。”朱玫说：“王命不可违。”朱温笑说：“你的王已经跑到西蜀，你还替他卖命吗？”朱玫说：“我只求富贵，从来不介意谁当王谁称帝。”朱温笑说：“如果你们能够归顺大齐，一定会加官进爵，富贵享之不尽。”朱玫考虑了一下说：“本将军和诸葛爽商议商议。”
明日，朱玫说诸葛爽：“黄巢拥兵百万，势大，我们只是以卵击石，不如投降，以换取更大的富贵”。诸葛爽也很害怕，说：“其实我只是虚张声势，我想归顺大齐，只是怕论安不肯。”朱玫说：“论安只是匹夫之勇，不足为虑。”诸葛爽见朱玫意志坚定，于是同意归顺大齐，论安听说诸葛爽反叛，大怒说：“诸葛爽这个小人，既然敢背叛朝廷，我去砍了他。”拔剑进营想杀诸葛爽，诸葛爽的校尉一拥而上把论安拿下，论安大骂诸葛爽“叛徒”，诸葛爽一刀将其砍了。把人头交给朱温带回。黄巢大喜，任命诸葛爽为河阳节度使。诸葛爽领军来到河阳，河阳节度使罗元杲虽想抵抗，无奈部下一听说大齐大军百万，个个都反戈投降，罗元杲只得弃河阳投奔僖宗，诸葛爽接管河阳。
西川节度使陈敬瑄得知僖宗出逃，大喜说：“我的荣华富贵来了！”立即召来监军宦官梁处厚，陈敬瑄对梁处厚说：“你立即前去汉中请求皇上摆驾CD，一定要把事情办成，不然我砍下你的脑袋。”梁处厚连忙去办。处厚来到兴元，哭着说：“西川节度使陈敬瑄听闻皇上西幸，派奴才来迎接皇上到西川首府CD，陈节度使已经为皇上重修了行宫”。僖宗大喜，问田令孜。田令孜说：“兴元物资缺乏，不是久留之地。”僖宗于是答应到CD。陈敬瑄收到消息，立即派三千军队去兴元护驾，僖宗派宫仆小儿先行，自己则和田令孜等大臣缓缓前来。宫仆小儿一向强横，一到CD看到陈敬瑄修复的行宫后，出言怒说：“行宫修建得如此简陋，怎么是皇上住的地方！CD简直是蛮荒之地”。陈敬瑄大怒，将出言强横的宫仆小儿五十多人捕杀，其他人不敢再有怨言，个个连忙说：“行宫修建得非常漂亮！非常漂亮”。陈敬瑄亲自去鹿头关迎僖宗入CD，僖宗封陈敬瑄为检校左仆射兼同中书门下平章事。
黄巢陷长安后，出兵四掠，使锐将徐磨莒、朱温、何勤攻邓州，以扰荆、襄；遣林言、尚让寇凤翔。令黄揆和黄思邺带兵十万下兴元，追击僖宗；再派孟楷、盖洪略蒲地。
孟楷和盖洪率军来到河中，河中节度使李都不能支，乃准备投降大齐，然内惮行军司马王重荣，表朝廷以自副。李都和王重荣说：“黄巢势大，我们几万将士真的是以卵击石，孟楷和盖洪都是黄巢的名将，我们还是投降吧？”王重荣拒绝说：“黄巢只占领关中长安及附近地区，国家气数还在，等天下藩镇前来勤王的时候，就是黄贼的末日!我们可以假装投降，争取时间。”于是上书黄巢说：“愿意归顺。”黄巢大喜，令孟楷、盖洪停止进攻。
河中是大齐进营中原的地区的前哨，黄巢屡派使征调河中物资及士兵，使者来者至百辈，不断坐在传舍，催促河中发兵，河中的官吏不堪命，个个叫苦不迭。王重荣大怒，召集河中将领说：“我所诡谋纾难，以外援未至。今贼裒责日急，又收吾兵以困我，则亡无日矣。我们不如破坏大桥，婴城自守，不然，变生何以制之？”其他将领皆说：“吾等兵寡，谋不足，与黄贼绝之，祸且至，愿受公节度。”河中将领乃遂节度使李都，黄巢的使者们正半躺在胡床上翘起八字脚喝酒吃肉，突然王重荣带兵突进，使者大惊，忙问：“你们想干什么？造反啊？”王重荣怒说：“是的，造反。”于是把使者们全部驱出，皆斩之。河中士气大震。王重荣因大掠附近居人以充实自己的军队。
李都见王重荣疯了，连忙奔归僖宗，三个月后来到西蜀，上奏说：“王重荣聚众谋反”。僖宗听说王重荣驱逐朝廷命官，擅自掠夺民众。乃使前京兆尹窦潏从间道慰问河中军，并顺道诏代郡。重荣听说窦潏到来，率官属奉迎。潏至，下令士兵把酒肉搬下、大酒大肉款待河中士兵。大家吃饱喝足后，窦潏大叫说：“天子以大臣守土，谁得逐之？为我把首恶者抓出来。”众无敢对。王重荣佩刀历阶说：“首谋者，我也，尚索谁？”怒目窦潏，窦潏害怕的说：“李都无过，为何要把他驱逐？”王重荣大怒说：“李都只知道一昧的投降，此等奴才，要他来干什么！”窦潏知道事情不秒，一边看王重荣一边走向自己的驾骑，突然间摔倒，窦潏连忙爬起，侍卫上前搀扶，窦潏连滚代趴的上了马车，即奔还。
跑了三十里后，窦潏提心吊胆的问侍卫：“王重荣有没有追来？”侍卫看了看后面说：“没有见追来。”窦潏心头大石才落地。回到CD，窦潏对僖宗说：“王重荣不是想谋反，而是李都太没用。”僖宗大怒，训斥李都，王重荣遂主留后。
黄巢进入长安后，杨复光上书弹劾宋威说：“臣本已劝降农民军，无奈宋威从中劫杀农民军将领，至使农民军做大，使皇上有蒙尘之祸，此老眼昏花，误国殃民之人，应该诛九族，以儆效尤。”唐僖宗于是想起了宋威，立即下旨：“宋威此老匹夫，弄虚作假欺骗朝廷，罪不可赦，立即撤职查办。令王铎接任招讨使，同时加封监军杨复光京西南面行营都统。”
僖宗加封高骈官为检校太尉，东面都统，京西、京北神策军诸道兵马使令其出兵讨贼。高骈接到命令后，心烦意乱，在府邸中走来走去，恰遇两只雉鸡在府舍筑窝，于是令身边的占卜官占卜一下是凶还是吉。占卜者说：“雉鸡在府舍筑窝，这主军府将空。”高骈心中厌弃，于是带全部兵众到东塘扎营。淮南有战船两千艘，装备齐全，高骈令每日鸣金鼓以鼓士气。并发檄书给浙西节度使周宝，约与其联和西进，周宝大喜。周宝的大将张郁对周宝说：“高骈大败于黄巢后已经威信扫地，其约主公西进是想趁浙西主力出走后兼并江东，玩孙策三分天下的把戏。”周宝半信半疑。不久，高骈请周宝到自己军中议事，周宝以为高骈真的要谋己，于是很生气，托辞有病不去。两人间遂有了隔阂。高骈屯守东塘一百天，以为大唐气数已尽，于是以周宝及浙东刘汉宏将有不利之事为理由回广陵（扬州），准备应变。
僖宗知道了高骈没有出兵的打算，天下越发危急，于是派王铎代高骈为都统，崔安潜做副都统。高骈听闻僖宗令王铎代己，不以为然，写诗《闻河中王铎加都统》讽之：“炼汞烧铅四十年，至今犹在药炉前；不知子晋缘何事，只学吹箫便得仙。”僖宗听闻高骈写的讽刺诗，立即下令罢免高骈诸道盐铁转运使之职。诏令韦昭度任诸道盐铁转运使，名升暗降加高骈侍中，增加实封户一百，封爵渤海郡王。高骈既失了兵权，又丢了财权，于是破口大骂，上书诋毁王铎说：“王铎虽是名门之后，却是败军之将，湖南一役败完了朝廷的十万大军。崔安潜是贪心小人，有如烂木头，用他们将遗千古之悔。皇上不见汉淮阳王刘玄更始年降赤眉、秦子婴轵道降汉之事吗？”。僖宗怒，下诏严厉斥责高骈。
