乾隆帝是有作为的皇帝，在他执政期间，各民族间和睦团结，但仍有一些地方发生动乱，威胁清政府的统治。
乾隆五十一年（公元1788年），台湾天地会数千人在林爽文、庄大田的领导下，其人数越来越多，攻城夺县严重威胁着清朝的统治。台湾总兵柴大化一面坚守，拼命抵抗；一面上奏朝廷、请求派兵协助剿灭天地会。乾隆帝得知后，一面嘉奖柴大化等固守有功的将士，一面派镇远大将军福康安率兵援台。
沙场宿将福康安善于用兵，而部下海兰察又是其得力战将。二人经过周密研究，制定一个声东击西的作战计划。在佯攻天地会的根据地大理杙庄的同时派精锐兵将偃旗息鼓，直奔被天地会包围的嘉义县。林爽文中其计，分兵回救大理杙庄。结果被福康安逐一击败，林爽文、庄大田被杀。台湾天地会剿灭后，乾隆帝命福康安为两广总督，坐镇广东，封海兰察为超勇公。乾隆五十六年（1791年）廓尔喀入侵西藏，乾隆又命二人前去攻打廓尔喀军。
廓尔喀部落大约在18世纪中期兴起，于现今尼泊尔境内，建立了一个野心勃勃的王朝。曾在乾隆五十三年（公元1788年）强占聂拉木，朝廷派巴忠前去交涉，要求归还聂拉木，而巴忠竟擅自答应每年给廓尔喀交纳白银近一万两，这样才把聂拉木救回。事后又隐瞒此事，此后廓尔喀每年都派人向西藏索要此款。而西藏达赖与班禅对此事根本不知道，为此廓尔喀大怒，准备派兵入侵西藏，要求赔偿这几年的银子。
乾隆四十五年六世班禅进京为乾隆祝寿，不幸死在承德，其兄仲巴呼图克图与其弟红帽喇嘛沙马尔巴一向不合，而其兄仲巴呼图克图护送班禅遗体回西藏时又把乾隆赐给班禅作为殡葬用的金银珠宝全部占为己有，更引起其弟沙马尔巴的不满，沙马尔巴不顾国家与民族利益，投靠廓尔喀，并唆使权臣巴都尔沙入侵西藏，以求达到个人的目的。于是巴都尔沙在乾隆五十六年二次入侵西藏，乾隆得知此事，立即追问巴忠，巴忠畏罪自杀。乾隆帝了解清楚情况后立即调两广总督福康安为将，超勇公海兰察为参赞，率大军入藏征讨廓尔喀军。
廓尔喀军得知清军大队人马前来支援十分恐慌，抢掠后大队人马匆匆逃回本国。福康安命海兰察率军继续追剿，海兰察乘廓尔喀军不备，越过一条狭窄的险路，直攻敌营打得敌人措手不及，狼狈逃窜，很快将敌人全部赶回廓尔喀境内。
廓尔喀权臣巴都尔沙回本国后，立即下令拆掉铁索桥，认为有此天险，清军是不会过河的，海兰察一面命部分骑兵沿河扎营以稳军心。命令另一部分士兵，乘黑夜绕至上游，伐木作筏偷渡过河，当廓尔喀军发现清军时，已来不及抵抗了，只得纷纷溃退下去，海兰察挥军直下，连克廓尔喀数城，迫使廓尔喀拉特纳巴都尔派使臣，向福康安投降，表示再不敢冒犯天威。
福康安郑重地说：“你们如真心求和，第一把掠夺扎什伦布寺的财物全部交还。第二将祸首沙马尔巴交出。第三今后每五年向天朝进贡特产一次。”使臣一一接受。并于第二天又送来牛、猪、羊各百头，米二百石以及果品、糖茶、酒等犒劳清军。
福康安接受廓尔喀交来的降表后，撤兵转回西藏，受到八世达赖和七世班禅的热烈欢迎，大犒三军庆贺胜利。福康安与达赖、班禅共同商议制定了一个《西藏善后章程》，就班师回朝了。
乾隆帝对廓尔喀外邦的入侵西藏，坚决给予还击，表明了清政府对西藏问题的正确立场。西藏历来是中国领土必不可少的一部分，不容异邦随意入侵或诋毁。福康安率军彻底征服廓尔喀，维护了西藏主权，其功绩昭示后人。
