一、探索组建协调机构
积极探索建立由国家发展改革委员会领导、川渝两地主要领导和两地发展改革委员会、规划局等部门领导组成的协调委员会。协调委员会定期主持召开区域各城市主要领导联席会议，研究决定推进成渝经济合作的方针政策、发展战略、合作规划、重点项目以及需要国家给予支持的相关政策，对合作中的重大问题进行决策。协调委员会应在两地发展改革委员会设立协调办公室，负责汇总各方的意见和建议，制定合作规划方案，提交协调委员会审定，并会同有关单位督促落实协调委员会的有关决议。
二、拓展建立多层次的协调组织和机制
建立民间企业之间的合作协调机制，研究机构之间的学术合作机制，园区、城市之间的联合招商机制等，鼓励建立各类半官方及民间的跨地区合作组织，积极开展生产技术协作、信息交流、学术研究、人才交流等方面的专业化合作。每年定期召开川渝经济合作论坛，将其办成由双方共同主办，官方、半官方、民间、社会共同平等参与的研究、交流、沟通平台。
