在实践冥想的过程中，会受到很多障碍的困扰。在这种实践中，求道者沿着意识的层面，展开了内在的旅程，他在这次旅程中的唯一伴侣是他的心意。从意识的六个中心的观点来看，这种旅程也是由较低中心向上移动到较高中心的旅程。在这趟旅程中，求道者的感官要穿越清醒、睡梦和记忆，以及无梦睡眠状态，最后到达第四种状态，自我在那里闪耀着。
障碍是由于身体的抵抗和身体的习性，由于心意和它根深蒂固的潜在业力，还有理智和它在虚幻与真实之间的无分别性。这些障碍表现为多样性，穿上了各种不同的外衣，粗钝的或精微的，从物质层面到精神层面，又从精神层面到物质层面，相继地交替着。想达到目标的求道者，必须准备去面对障碍和知道克服它们的方法。几乎所有的障碍都是从心而来。它们都是过去放纵生活积聚的结果，是由我们的幻觉和欲望所产生。除了我们自己以外，没有人可以清除阻挡在我们道路上的障碍。
钵颠阇利列举的冥想障碍
根据钵颠阇利，冥想的障碍有：（1）疾病；（2）心理惯性；（3）怀疑；（4）幻觉；（5）懒散；（6）对感官享乐的渴望；（7）错觉；（8）心意无法专注；（9）从专注中退缩。
疾病
身体的不适是实践冥想的极大障碍。它一次又一次地把心意拉回到物质层面，使之难以朝专注的方向走去。良好的健康对于实践冥想来说是必不可少的。
身体和心意相互之间紧密相连，所以在大的程度上，身体的疾病会使心意变得无能为力。无论如何，只要是身体，由于它恶劣的健康，就无法产生与求道者的努力相应的专注。
除了慢性病和病理状态以外，身体的疾病是由不洁和不适当的饮食，缺乏对精微欲望的控制，缺乏有规则的锻炼和过度劳累引起的。建议纠正的方法是洁净和健康地饮食和适度地吃、娱乐、休息和保存精力。对于洁净的饮食，《薄伽梵歌》提出如下主张：
坚实和可口的食物，为萨埵属性的人所喜爱。饮食要简单、温和、味淡和有营养。大麦、小麦、清澈的黄油、牛奶和杏仁能促进长寿，增强能力和力气。至于奶类，奶牛的奶是最好的。室利·罗摩克里希那的一位亲密弟子斯瓦米·图利亚南达说：
我不喜欢水牛的奶，它会增加脂肪。奶牛的奶是最好的。坚战王（Yudhisthira）从小就喜欢奶牛的奶，而难敌（Duryodhana）却喜欢水牛的奶；你会看到它们本质上的不同。
要避免的食物是辛辣的菜、糖果、洋葱、大蒜、肉类、盐、干辣椒和调味品。据说肉类可以使一个人成为科学家，但很少会成为瑜伽士。盐会激发热情和耗尽意志力。《薄伽梵歌》更进一步指出：
对于有节制地饮食和娱乐，有节制地工作，有节制地睡和醒的人，瑜伽会终结所有的悲伤。
根据瑜伽的书籍，一位瑜伽士应该让自己胃里的一半填满食物，四分之一填满水，留下另外的四分之一来让空气流动。根据商羯罗，食物不仅仅是吃的；任何被感觉器官吸引住的东西也被视为食物，因此求道者需要注重对所有感觉器官的净化。
接下来的是需要锻炼和保存精力。有规律地锻炼对于健康来说是非常有帮助的。保存精力需要放弃粗俗的满足和控制精微的刺激。除了节食外，瑜伽体系还提倡练习体式（asana）或哈特瑜伽和控制呼吸（生命之气）来达到良好健康的目的。
心理惯性
心理惯性是由于答摩质（tamas）占优势。在这样的情况下，心意不愿振作。这是由于没有任何明确的生活目的和心意缺乏果断而引起的。对于这种障碍的纠正方法，斯瓦米·婆罗门南达说了以下的话：
心意自然会跟努力对抗，总是寻求舒适。如果你想达到某些成就，就不得不努力工作。在这个预备阶段，为了培养一种强烈的习惯，你必须迫使你的心意去冥想。如果发现自己难以长时间地坐着，那么就躺在床上去练习持咒。如果感到有睡意，那么就起来走走和念诵曼陀罗。习惯就这样形成。不要放弃你的规范修习。必须跟心意作战。让心意受到控制是灵性戒律的目的。
心理惯性是通过正确地对待饮食，有规律的睡眠和坚定地练习冥想来克服的。
在这一方面，斯瓦米·婆罗门南达作出以下指引：
在实践规范修习期间，最好是稍为分辨地对待食物。要避免某些增强睡意的食物。吃过多的甜食、腌菜或小扁豆都是不好的。这些食物会增加身体的答摩质，意味着更加懒惰和更加嗜睡。让一个拥有答摩属性的人去实践规范修习几乎是不可能的。要吃易消化的食物。不要填饱食物超过胃的三分之二。这样做会增加你的力气和精力。如果胃负担过重，大量精力都会用在消化食物上。此外，气体会在腹部形成，会使你感到不适。但是，如果你的胃有三分之一是空的话，这就不会发生。一个健康的身体对于规范修习来说是非常有帮助的。关于食物和睡眠，《薄伽梵歌》说：
阿周那，吃得太多和吃得太少都不适合瑜伽，睡得太多和睡得太少也不适合瑜伽。
根据另一种观点，五种要素在成功的冥想中是必不可少的：练习静默，吃少量的奶类和水果，独自地生活，与老师的个人接触，以及一块清凉的地方。要空腹、空膀胱和空肠来练习专注与冥想。对此，无盐的饮食会有巨大的帮助。
有关食物的规定，神圣母亲室利·萨拉达·戴薇说：
师父[室利·罗摩克里希那]在食物上尤其注意一点。他经常禁止所有的奉献者去吃葬礼上的食物。他时常说那样会有害于一个人的虔诚。
除此之外，你可以吃你喜欢吃的，但当你这样做的时候要记住师父。在食物营养的必要性方面，斯瓦米·维韦卡南达说了以下的话：
有一天，一位年轻人把我带到莫海尼·巴布（Mohini Babu）在达卡的家里，指着一张照片说：“先生，请告诉我他是谁。他是一位化身吗？”我很多次温和地告诉他说，我对此一无所知。当我再三地告诉他的时候，那男孩并没有停止他的询问，我最后被迫说：“我的孩子，今后你吃上一点儿有营养的食物，你的大脑会发育。没有了食物的营养，我看你的大脑已经枯萎了。”那年轻人听了这些话后，也许会变得很不高兴。但我还能够做什么呢？除非我对男孩子们说这样的话，否则他们会渐渐变得狂妄。斯瓦米·沙拉达南达给出了以下规定：
你也许会问我，素食对于灵性生活来说是否绝对有必要。我的回答是，在食物的问题上，并没有严格的素食规定。我们能够不伤害某些形式的生命而活着吗？你认为水果和蔬菜有生命吗？我们的经文说它们有；科学也已经证实了。如果你在以素食为生的同时又想保存身体和心意的力气和精力，那么你会贸然这样做。但是，在忘记了鱼和肉的时候，如果你的健康在恶化，就必须放弃这样的念头，吃更为适当的食物。作为一种普遍的规则，当身体变得虚弱的时候，心意也会变得虚弱。一种虚弱的心意不适合冥想。当一个拥有如此心意的人在设法冥想的时候，他的心意脱离了控制。只有身体强壮，拥有足够意志力的人才能把心意专注起来，并且专注于神。因此，一定不要做任何损害灵性生活的事。不管吃什么，都把它作为祭品来献给上帝。观想上帝以火的形式住在身体内，这样你所吃的食物就是祭品，献给那火。在他的命令下，你在举行着一场内在的祭礼。藉着这些想法，“吃”这种身体行为会献祭给一种仪轨，是否因为伤害动物而产生的顾虑也会被废止。但是，要让心意保持这种状态并非易事。它需要规范练习和正念。为此，印度的僧侣制定了严格的规定，不背诵以下出自《梵歌》的诗节就不进食：“梵是祭礼，梵是祭品，献祭给那火的也是梵。如果心意看到梵在每一种活动里面，那么就会找到了梵。”食物的对象是用来构建强壮的身体和良好的智力。除非身体和心意都纯洁，否则就不可能实践灵修。正是奉献给上帝的食物构建了纯洁的身体和心意。葬礼上的食物是供奉给鬼魂幽灵的，而不是神。结果是，它影响了人们的其他方面，而不是构建纯洁的心意和身体。食物构成了身体和心意，食物的属性也影响着它们。在采坦尼耶的一生中，我们看到了这样一种情形：一个普通人偶尔碰到了处于心醉神迷状态的他，也被这种宗教情感压服了。他被告知要吃虚拉达仪式上的食物来克服这些情感。
事实上，这种食物结束了那人的神迷状态。
摩奴给了以下有关食物和吃法的规定：
面向东方而吃的食物促进长寿；面向南方而吃的食物促进名望；面向西方而吃的食物促进好运；面向北方而吃的食物促进真理。一个二次出生的人在洗刷完毕后，总是应该带着专注的心意来吃食物；在吃完以后，应该彻底地洗刷干净，用水冲刷身体上的孔……不要把剩余的食物给任何人，也不要在两餐之间进食；不要吃得过多，也不要在口含食物或手拿食物的时候到处乱走。吃得过多不利于健康、长寿或升天，它摧毁了美德，人们憎恨它，因此应该避免。
怀疑
在没有清晰、明确的目标，无法判断和衡量其进展的时候，求道者的头脑里就会出现各种各样的怀疑。每当求道者遇上了障碍，他会怀疑是否遵循正确的方法，怀疑冥想的主体是否正当。怀疑是由于心意的不洁引起的，在潜意识的层面中产生了抗拒。求道者在早期阶段会无可避免地产生怀疑，必须用积极的顺从和辨别智来与之斗争，直至在某种程度上品尝到冥想的内在喜悦。有三种类别的怀疑：对某种结果的怀疑；对不可能产生的结果的怀疑；以及对相反思想的怀疑。结交圣人和倾听圣典会消除第一种怀疑；反省和分辨是消除第二种；严格地冥想是消除第三种。除了这些以外，钵颠阇利还建议要专注在一个单一的对象上；那就是，建议求道者专注在他的择神上，排除所有其他的东西。
幻觉
幻觉是由于缺乏对达到专注的方法进行反省。知识的对象是无可置疑的，但求道者也许不会跟着达到目标的正确方法来练习。求道者会过分强调或过分简化通往冥想的一个或多个步骤。他会跟着去练习，但忽略了规范性的一面。一个梦的体验也许会被当成是灵性的体验，一场短暂的激动也可能会被视为是进步，执著也会被看成是责任。幻觉可以通过忠实地遵守所指示的练习规范，通过老师的教导和通过反省来克服。
懒散
受到懒散的影响，心意不能振作，就像精神懒惰的情形一样，但有别于“不愿意”振作。懒散通常是归咎于由于能量供应不足而引起的某些心意上的缺点。为了克服这种懒散状态，求道者被建议去唤醒其意志，遵守保持良好健康的规则。无论这样的练习是多么乏味和多么机械，都要坚持练习。只有苦行者般的坚定意志才能克服懒散。
对感官享乐的渴望
一位实践冥想的求道者的心意会出现对感官享乐的渴望。这是由于心意潜意识部分的抵抗。在心意开始提升到意识较高层面的时候，潜意识的阻力开始变得更加强烈。通过冥想，神圣的思想会倾注到心意里，深深地进入潜意识层面，隐藏在潜意识核心里的相反念头会浮现出来。世间欲望的潜在业力不可被合理化、忘记或忽略。它们必须通过培养相反的业力来中和。
这种渴望感官享乐的纠正方法是培养不动心，这样求道者就能够看到感官享乐的恶果，会把更多的时间用于规范地实践持咒和冥想上。通过持续不断和有规则地实践，一种新的业力产生了，求道者开始品尝到了内在的喜悦。只有尝到了内在的喜悦，才可以使一个人克服对感官享乐的渴望。直到这样，求道者才会被建议去通过实践不动心和感官控制，从而在某种程度上保持对该对象的享受。这种为了克服对感官享乐的渴望而做的努力是对神唯一的真正崇拜。对感官享乐的渴望蒙蔽了心意，阻碍求道者去观想内在的择神。
错觉
一位实践冥想的求道者通常会被自己的心意所迷惑。他会把子虚乌有的东西视为实有，会把短暂的情绪激动视为一种灵性体验。由于高度的想象力，他会在冥不到目标。引起这种错觉的原因是缺乏辨别和反省。成功的冥想并非由梦的体验、情绪的体验，或者是精神的获取来衡量。求道者必须明白，梦终归是梦，并非真实，情绪也会有起伏。真正的成就是根据性格的转化来衡量的。
纠正这种错觉的建议方法是提高灵性的辨别力和加强辨别性的思考。求道者必须继续前进，不要满足于把局部的事物视为一切。真正的灵性意识是有它自己的凭证的。它平息了怀疑，增强了信心。任何无法满足这两个条件的现象都是暂时和短暂的。
心意无法专注
我们已经发现，尽管对那目标有了正确的解析和清晰的了解，求道者还是无法达到某个特定层次的心意专注。这种无法专注是由于潜意识里隐藏的对抗倾向和执著，称为潜在业力。潜在业力是过去放纵生活留下的种子。它们本身不会死亡。
求道者在实践专注与冥想的时候，它们开始浮现于表层，把求道者的心意拉了下来。
作为一种纠正方法，求道者必须通过有规律的冥想来培养相反业力。有意识地和有规律地练习不间断地冥想一个对象，会有助于发展出一种相反业力。通过长期地不断练习，这种专一思想的相反业力会中和心意里所有的对抗业力。
